马铜绿假单胞菌全基因组重测序研究

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1、内蒙古农业大学研究生学位论文独创声明本人申明所呈交的学位论文是我本人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。据我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包括其他人已经发表或撰写过的研究’成果，也不包括为获得我校或其他教育机构的学位或证书而使用过的材料，与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作了明确的说明并表示谢意。申请学位论文与资料若有不实之处，本人承担一切相关责任。论文作者签名：施整日期：2叟缝，箜：!f内蒙古农业大学研究生学位论文版权使用授权书本人完全了解内蒙古农业大学有关保护知识产权的规定，即：研究生在攻读

2、学位期间论文工作的知识产权单位属内蒙古农业大学。本人保证毕业离校后，发表论文或使用论文工作成果时署名单位为内蒙古农业大学，且导师为通讯作者，通讯作者单位亦署名为内蒙古农业大学。学校有权保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子文档，允许论文被查阅和借阅。学校可以公布学位论文的全部或部分内容(保密内容除外)，采用影印、缩印或其他手段保存论文。论文作者签名：指导教师签名：日期：摘要铜绿假单胞菌是广泛存在于自然界的人类及其它动物的病原体。当宿主正常防御机制被受损时，铜绿假单胞菌可从带菌状态发展为感染状态，甚至对多种抗生素产生耐药性。本研究对

3、马血液中的铜绿假单胞菌构建TruSeqDNA文库，利用llluminaMiseq平台进行全基因组重测序，筛选其重要的SNPs和InDels并进行功能注释，为进一步研究马铜绿假单胞菌的致病机制打下基础。实验结果如下：1全基因组重测序结果总共获得大约51万对reads，插入片段为450bp，读长为170-220bp。测序得到的数据在参考基因组上进行比对发现片段配对率为9396，覆盖率为96．8％。检测到7990个SNP，其中纯合SNP为7903个，杂合SNP为87个；存在99个InDels，其中纯合InDels为97个，杂合InDels为2个。

4、2功能注释结果根据SNPs和InDels分布进行COG和G0功能注释。根据COG数据库主要被归类为：氨基酸转运和代谢，信号传导机制，次生代谢产物的生物合成、转运和分解代谢及其它的一些未知功日,-匕h；根据G0数据库被归类为：膜合成，ATP结合，氧化还原过程，DNA模板和转录调控，磷酸转移信号转导系统等。使用KEGG数据库对SNPs和InDels分布进行信号通路分析，涉及到的主要通路有代谢途径和二元物系。关键词：马；铜绿假单胞菌；全基因组重测序；功能注释WholeGenomeResequencingResearchofPseudomonasA

5、eruginoseoftheHorseAbstractPseudomonasaeruginosa(’PA’hereafter)isaubiquitousenvironmentalbacteriumthatisanopporttmistichumanandotheranimalpathogen．PAinfectionsarecommoninpatientswithcompromisedantibacterialdefensesandPAhastheabilityofacquireddrug—resistancebyinducingantimi

6、crobial．ThisstudyinvolvedwithconstructionofTruSeqDNALibrary,wholegenomeresequencingbyIlluminaMiseqtechinique，screeningSNPsandInDels，andfunaionalannotationforPAisolatedfromthebloodofthehorsewithwoundinfection，whichlaythefoundationforfurtherstudyonthepathogenicmechanismofPAi

7、nhorses．Resultsareasfollq_,vs：1wholegenomeresequencingWeobtainedabout510，000pairsofreadswhichoflengthare170．220bpandinsertedsizeis450bp．Thematchingrateandcoveragebetweenobtainedsequencingdataandreferencegenomeare93％and96．8％respectively．Thetotalnumberof7990SNPswereidentifie

8、dincluding7903homozygousSNPsand87heterozygousSNPs，atthesametimetotal99InDelswereidentifie