用于大白菜品种核酸指纹库构建的ssr核心引物筛选

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1、杨金雪用于大白菜品种核酸指纹库构建的ssR核心引物筛选摘要本研究利用ssR标记技术初步筛选出29对多态性引物，作为一套适合于大白菜品种核酸指纹库构建的核心引物，为构建大白菜品种标准DNA指纹库奠定了初步基础。本研究的结果如下：1．将来源于国际上已发表文献中的2050对SSR引物与本实验室开发的79对SSR引物，总共2129对引物与大白菜参考A基因组进行blaSt比对，确定引物所属连锁群及物理位置，结果得到已于大白菜基因组定位的覆盖全基因组10个连锁群的SSR引物共544对。从263份大白菜自交系中选取12份骨干自交系作为sSR引物多态性筛选材料，从544对SSR引物中筛选出

2、稳定性好，多态性丰富，重复性好的引物共5l对，平均每个连锁群含有引物在5对以上。2．利用5l对多态性引物对263份自交系进行SSR扩增，结果均得到扩增清晰稳定且单一的谱带，在供试材料中共检测出227个等位基因位点，每对引物检测到等位基因2．10个，平均为4个。每个位点的多态性信息量(PIC值)变化范围在O．2080．0．8154之间，平均为0．5159，其中PIC值最大的引物为N14803，PIC值最小的引物为CX272719，共有28对引物的PIc值大于0．5。3．使用tassel4．0软件对51对引物进行主成分分析(PCA)，结果表明：当主成分个数为27个时，51对引物

3、的累积贡献率可达到85．5％，从中挑选24对最具有代表性的SSR引物，结合引物的扩增效果、多态性、稳定性及重复性、等位基因数量、引物的物理位置、PIC值和主成分分析结果等指标，初步确定了一套含29对SSR引物的核心引物。4．利用29对核心引物和51对多态性引物的基因分型结果分别对51份具有代表性的大白菜自交系进行聚类，比较分析两个聚类图，发现分类结果基本一致，并且均可按照成熟期和抱球方式进行划分。这表明29对引物可以视为核心引物，以待进行后续研究。5．利用29对核心引物和5l对多态性引物的基因分型结果分别再对263份大白菜自交系进行聚类比较，发现两种聚类图均大致被划为两类，

4、第一类是以春夏大白菜为主；第二类是以秋大白菜为主，并且按照抱球方式分成三个亚类：第一亚类为叠抱类型，第二亚类为拧抱类型，第三亚类为合抱类型。这表明两种聚类结果相似度很高。因此，通过两种聚类结果的比较分析，进一步证实了所选29对核心引物的代表性，也为下一步构建大白菜品种DNA指纹库提供了依据。关键词：大白菜，ssR，核心引物，指纹图谱II扬州大学硕士学位论文Abstract111t11isstudy，、veusedSSRmarkertechl0109yscreeIling29markersasasetcorepriIners．ItwaSreferencedfor“Resear

5、chonEstablishingDNAFinge印rintingDatabaseofCmnesecabbagecultiVars”arldthepuritya11drealityidentificationofCllinesecabbagecultiVars．Theresultsweresummarizedasf．oUows：BasedonintemationalreferencesandBr口，，fc口Database．wefound2129SSRmarkersandmenscreened544m印pedSSRm缸kerSmatdistributedontheten1iI

6、出age铲oupsofChinesecabbage．Weused12C11inesecabbageinbredlinematerials仔om263Chinesecabbageinbredlinestoscreen51markersthatcan锄pli匆stablyinPCRreactionaJldbeeasilyscoredandrelatiVelyeVenly．263Chjnesecabbagesinbredlineswereselectedto咖dythegeneticdiVersit)，usingSSRtectllliquesby觚enty一血necoreprim

7、erpairs．227allelesweredetected锄ongtheCllinesecabbageinbredlines．Tllen哪berofallelesperlocuS础ged丘om2to10aIldthemeanwaS4．TheValuesofp01yIno叩11ismi幽mationcontent(PIC)foreachSSR10cusV撕ed舶m0．2080—0．8l54witllanaVerageof0．5159，inwllichp打merN14803waSthe11i曲estw11ileⅡ1e