鲤科鱼类基于c-myc和hif-1基因的分子系统学研究

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1、河南师范大学硕士学位论文鲤科鱼类基于c-myc和HIF-1基因的分子系统学研究姓名：常瑜申请学位级别：硕士专业：水生生物学指导教师：孔祥会20100501摘要㈣㈣帆lIIlIImⅢ眦Ⅲ帆吣Y1734824本研究选择核基因组中c-myc和月=阢J基因做为遗传标记，在选定的鲤科鱼类中，分别扩增出基因序列或eDNA序列，采用分子系统学方法，对其进行序列变异、系统发育和分子进化分析。序列变异分析采用MEGA4．0软件；系统发育分析分别采用最大似然法、最大简约法和贝叶斯法重建鲤科鱼类系统发育关系；分子进化分析采用PAMIA．2软件进行。本论文的主要研究

2、结果及结论如下：l、本研究通过PCR扩增、克隆测序及从GenBank下载共获得68条鲤科鱼类及外类群的c-myc基因序列。(1)序列变异分析表明：c-mycCDS序列的第538位、793位和1160位核苷酸变异具有特异性，这些位点上高原鱼类和平原鱼类的核苷酸不同；两个高度变异区的碱基缺失数目和鱼类亲缘关系两者间无相关性，和鱼类生活区域两者间也无相关性；具有简约信息的第387氨基酸位点上裂腹鱼类编码的都是丝氨酸，而其它鱼类绝大多数编码的是苏氨酸。(2)系统发育分析表明：支持理科鱼类缶巴系和雅罗鱼系的划分，斑马鱼、麦氏鲥与三线波鱼形成的分支独立于

3、以上两个单系群外；囱巴系中，野鲮鱼类位于伍巴系的最基部，啬巴亚科、裂腹鱼亚科和鲤亚科鱼类共同构成另一分支；雅罗鱼系中，最基部的是鲭鲛亚科鱼类，其余为绚亚科，鲴亚科、鲐亚科、鲥亚科的中华细鲫和马1：3鱼、雅罗鱼亚科和鲢亚科鱼类。，(3)分子进化分析表明：M3模型检测到D，缈c序列位点之间的选择压力存在强烈的异质性；使用两对似然率检验来检测正向选择：M2．M1和M8．M7，M1模型和M8模型都表明绝大多数位点(大于90％)受负向选择；小部分位点是中性进化的；没有检测到正向选择位点。2、本研究通过PCR扩增、克隆测序及从GenBank下载共获得11

4、条鲤科鱼类及外类群的HIF-1基因的eDNA序列。(1)序列变异分析表明：发现加FJ基因eDNA序列上lO个核苷酸变异位点，这些位点上赤梢鱼的核苷酸不同于其它鱼类；不同物种eDNA的同一区域编码的氨基酸数目变异较大；氨基酸序列有10个位点上赤梢鱼和其它10种鱼类编码的氨基酸不同。(2)系统发育分析表明：鲤科鱼类主要划分为钯系和雅罗鱼系，而斑马鱼则独立于以上两个单系群外；雅罗鱼系中，筋亚科的麦穗鱼和雅罗鱼亚科的赤梢鱼聚为一个分支，鲢亚科的鳙和鲢与雅罗鱼亚科草鱼构成另一分支；鲍系中，鲤科的鲫鱼和金鱼与裂腹鱼亚科的青海湖裸鲤构成鳃系的一个分支，再与

5、鲤亚科的鲤鱼一起聚为一个单系群。(3)分子进化分析表明：M3模型表明HIF-1序列位点之间的选择压力存在强烈的异质性；两对似然率检验用来检测正向选择：M2．M1和M8．M7，M2和M8模型表明HIF-1序列大部分(大于80％)位点属于负选择作用位点，仅少数位点(O．2％)受强烈的正选择作用；检i贝{JNl3个受正向选择的位点，其后验概率均大于50％，这13个位点在不同物种间发生了变异。关键词：c-myc基因，朋卜J基因，分子系统学，鲤科鱼类ⅡABSTRACTInthisstudy,twonucleargonec-mycandHIF-1areu

6、sedasthegeneticmarkers，c-mycDNAsequencesandHIF-1eDNAsequenc铬wel"eamplificatedrespectivelyintheselectedspeciesofcyprinids．Basedonsequencesdataset'sequ黜variations，phylogeneticsandmolecularevolutionwereanalyzedaccordingtothemethodsofmolecularsystematics．Sequencevariationsanaly

7、siswasimplementedinsoftwareMEGA4．0．Maximumparsimony，maximumlikelihoodandbayesianmethodwereusedtoinferphylogenyreleationshipsofc)，prini&．AnalysisofmolecularevolutionwasconductedinPAML4．2．Theresultsandconclusionsachievedfromanalyseswereasfollows．IInthisstudy，68DNAsequencesofc

8、-mycgenefromcyprinidsandoutgroupswereobtainedthroughPCRamplification，cloning，seque