dna数据存储与比对技术研究

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1、西安电子科技大学硕士学位论文DNA数据存储与比对技术研究姓名：侯丛申请学位级别：硕士专业：计算机系统结构指导教师：马玉祥20040101丫摘要随着DNA分析技术的发展与应用的不断深入，DNA数据的存储与访问1」益成为关注的焦点。一般应用系统采用现有的数据库系统来进行管理，数据库系统区别于其它系统的重要方面之一是DBMS具有有效地处理非常大量数据的能力，但是随着DNA数据量的增长，数据的检索速度日益捉襟见肘，如何提高数据的检索效率逐渐受到重视，特别是在一些特殊领域对数据的实时性要求较高的情况下，更需要

2、快速的数据检索。本文正是基于此考虑，针对DNA数据的特点及实际比对的需要，通过具体的数据库实现技术，分析了存储结构对数据库访问速度的影响。在此基础上通过对给出的几个具体的存储方案及相应的比对算法的实际测试，得到一个相对较优的解决方案。并依此建立了数据比对系统，该系统是采用J2EE应用服务器技术设计的三层BIS体系结构。关键词:存储结构检索效率DNA比对多维定位辅助检索结构ABSTRACTThestorageandaccessofDNAdatahavebeenpaidmoreattentiontoin

3、creasinglyalongwiththedevelopmentandapplicationofDNAanalysistechnology.Commonly,applicationsusedatabasetomanagetheDNAdata.OneofimportanceaspectsofDBMS,differentfromothers,isthathasacapabilityofprocessingverylargequantitiesofdata.ButwithDNAdataincreasin

4、ginquantity,therehavetoomanyproblemstodealwiththerateofdatasearches.Ithasbeengivenmoreattentiongraduallytohowtoimprovetheefficiencyofdatasearches.Especiallyinsomeareasthathavemorede一mandforrealtimepropertyrateofdatasearchesarerequiredgreatly.Justbasedo

5、nthispointthisdissertationmainlydiscussesaboutdatastorageofDNA,andanalysestheeffectofstoragestructurestotherateofdatasearchesinallusiontocharacteristicsofdataofDNAandrequirementsofDNAmatchinginpracticebyapplyingthetech-nologyofdatabaseimplementation.On

6、itthedissertationshowsarelativelybestsolveofdatabasestoragestructuresandcorrespondingmatchmethodbytestingsomeprojects.Accordingtoit,thisdissertationpresentsadatamatchsystemwithJ2EEapplicationser-vertechnologyinthreetiersofB/Sarchitecture.Keyword:storag

7、estructuressearchesefficiencyDNAmatchmulti-dimensionorientationauxiliarysearchesstructures丫583351创新性声明本人声明所呈交的论文是我个人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。尽我所知，除了文中特别加以标注和致谢中所列的内容外，论文中不包含其他人己经发表或撰写过的研究成果;也不包含为获得西安电子科技大学或其它教育机构的学位或证书而使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均在论文中做了明确

8、的说明并表示了谢意。申请学位论文与资料若有不实之处，本人承担一切相关责任。本人签名:候性日期:a}4.，，今关于论文使用授权说明本人完全了解西安电子科技大学有关保留和使用学位论文的规定，即:研究生在校攻读学位期间论文工作的知识产权属西安电子科技大学。本人保证毕业离校后，发表论文或使用论文工作成果时署名仍然为西安电子科技大学。学校有权保留送交论文的复印件，允许查阅和借阅论文;学校可以公布论文的全部或部分内容，可以允许采取影印、缩印或其他手段保存论文。(保密的论文在解密后