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时间:2019-03-01
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1、第一章PCR1PCR的英文全称是什么?PolymeraseChainReaction2PCR是谁发明的?KaryMullis3PCR的基本原理是什么?PCR的基本工作原理是以拟扩增的DNA片段为模板,以一对分别与模板DNA互补的寡核苷酸为引物,在DNA聚合酶的作用下,根据半保留复制的机制沿着模板DNA链延伸,直至新的DNA合成。不断重复这一过程,则可使目的DNA片段得到扩增。4PCR反应的产物中一般会生成几种长度不同的产物?反应结束时他们的含量分别是怎样的?PCR反应中一般会产生2种不同长度的产物:一种是预期长度的产物,一种是比预期长度长得多的产物;前者以指数级数增加(2n),
2、后者以几何级数增加(2n)。因此后者在总产物中所占比重很小,可忽略不计。5一般PCR反应中包括几种基本成份?它们的功能分别是什么?7种基本成分:模板,特异性引物,热稳定DNA聚合酶,脱氧核苷三磷酸(dNTP),二价阳离子,缓冲液及一价阳离子,石蜡油(可忽略)模板:待扩增的DNA或RNA,甚至细胞;引物:与靶DNA的3’端和5’端特异性结合的寡核苷酸片段,是决定PCR特异性的关键。只有每条引物都与靶DNA特异性结合,才能保证其特异性,引物越长,特异性越高。两段引物间的距离决定了扩增片断的长度;两引物的5’端决定了扩增产物的5’端位置。说明引物决定了扩增片断的长度、位置和结果。DN
3、A聚合酶:a.聚合作用,将dNTP中脱氧单核苷酸逐个加到3’-OH末端,b.3’-5’外切酶活性,校正功能,c.5’-3’外切酶活性,切除错配核苷酸;石蜡油:维持恒热和整个体系中盐浓度,减少PCR过程中尤其是变性时液体蒸发所造成的产物的丢失。6PCR反应对模板有什么要求(种类及质量要求等)?基因组DNA、噬菌体DNA、质粒DNA、cDNA、mRNA、预先扩增的DNA均可作为模板。PCR反应对模板纯度要求不是很高,经过标准分子生物学方法制备的样品即可以作为模板;但是模板中绝对不能含有蛋白酶、核酸酶、Taq酶抑制剂和任何可以结合DNA的蛋白;虽然片段长短不是影响PCR效率的关键因素
4、,短片段模板PCR效率更高;为保证反应的特异性,应使用ng级的克隆DNA、μg级的单拷贝染色体DNA、或104拷贝的待扩增片段。7什么叫PCR的引物?什么叫特异性引物?什么叫简并性引物?引物:所谓引物,实际上就是两段与待扩增靶DNA序列互补的寡核苷酸片段,两引物间距离决定扩增片段的长度,两引物的5’端决定扩增产物的5’末端位置。(引物要大大过量)特异性引物:引物是与靶DNA的3’端和5’端特异性结合的寡核苷酸片段,是决定PCR特异性的关键。只有当每条引物都能特异性地与模板DNA中的靶序列复性形成稳定的结构,才能保证其特异性。简并性引物:简并引物是指代表编码单个氨基酸所有不同碱基
5、可能性的不同序列的混合物。为了增加特异性,可以参考密码子使用表,根据不同生物的碱基使用偏好,减少简并性。8引物设计的基本原则有哪些?a.引物长度一般在20~24bp(≥16,≤30):这样长度的引物保证了不易形成杂合体;b.(G+C)%含量:两段引物的此数值应相近;在已知模板序列时应与模板的相近。40%-60%c.引物本身不能形成明显的次级结构,如发卡结构;d.两引物间不可发生互补(特别是3’端,若不可避免那3’端互补碱基不可超过2个碱基);e.引物3’端配对:引物3’端为DNA聚合酶连上寡核苷酸的地方,因此该端5-6个碱基与DNA的配对必须严格、准确。9PCR中使用的DNA聚
6、合酶有哪几种,各具有哪些特点?a.Klenow片段:为DNA聚合酶Ⅰ的片段,有聚合酶活性和3’~5’外切酶活性(最适37℃);b.Taq酶:耐热DNA聚合酶,可耐受93~95摄氏度(最适74-75℃),是PCR普及的关键。它避免了不断补加DNA聚合酶的繁琐操作,提高了退火和延伸的温度,减少了非特异性产物和DNA二级结构对PCR的干扰,提高了PCR的特异性、敏感度和产量。它没有3’~5’外切酶活性,无校对功能,点突变较多。依赖Mg2+。c.Stoffel片段:第二代耐热DNA聚合酶,去除Taq酶的5’~3’外切酶活性,将97.5摄氏度的半衰期提高到20min,而Taq酶只有5mi
7、n;对复合PCR(2个或以上模板位点的PCR)更有效;d.VentTMDNA多聚酶:耐受100摄氏度以上高温达2h;具有校对功能(3’~5’外切酶活性)。e.RTth逆转录酶:有依赖于RNA的耐热DNA聚合酶活性和依赖于DNA的耐热DNA聚合酶活性,这两种活性分别依赖于Mn2+和Mg2+。10PCR反应中对于加入的dNTP有什么要求?1)dNTP应具有一定浓度:50-200μmol/L,不得低于10-15。浓度过高会抑制Taq酶活性,较低浓度可降低错误掺入;高浓度dNTPs易产生错误掺入,而
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