基因组中可移动元素的研究

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1、内蒙古大学硕士学位论文基因组中可移动元素的研究姓名：刘波申请学位级别：硕士专业：生物物理学指导教师：罗辽复20070430基因组中可移动元素的研究摘要可移动元素是基因组中JunkDNA的重要组成部分，通过对它的研究可以让我们认识到这种重复序列对生命多样性的推动作用和对基因表达的调节作用。本文对Ll编码蛋白缸字频数的分布规律和Alu中剪接位点的特征进行了分析。论文的第一部分描述了Ll所编码的两种蛋白质豇字频数分布的周期性；揭示了L1编码的蛋白质序列中氨基酸对的Zscore在周期性背景下遵循Weibull分

2、布；区分“字”域和“频数”域，运用两种求信息熵的方法--Shannon信息熵和Fisher信息熵，定义了五种缸字频数的泛函，发现对于L1所编码的两种蛋白质，绝大部分泛函与字长k之间的关系遵循指数分布或对数分布。第二部分对Alu剪接位点双碱基的类型、分布进行了分析，发现其中的非标准剪接(不满足GT-AG规则)占很大优势；而且非标准剪接的分布频率会随不同的染色体而变化，在Atu剪接较多的ll、12、17号染色体上分布最多。通过对Alu及其剪接位点碱基关联的计算分析，发现在Alu中剪接位点双碱基的这种异常使用

3、主要是由Alu9--联体的关联压力造成的，从而表明这种重复序列对生命活动的多样化起着重要作用。关键词：可移动元素，周期性，Weibull分布，Shannon信息熵，Fisher信息熵，非标准剪接，Pearsonz2量，关联压力，多样化STUDY0NMoBⅡ。EELEM哐NTSINTHEGENOMEABSTRACTMobileelementsareimportantpartofJunkDNAinthegenomes．StudyonthemenablesUStorecognizethattheimpulsi

4、veeffectoftheserepeatsequencesonlifediversityandtheirregulationsofgeneexpression．Thisthesishasstudiedsomedistributioncharacteristicsofk-wordfrequencyintwokindsofproteinsequencesencodedbyL1，andthesplicingsitesresidingonAlu．Thefirstpartofthepaperdescribest

5、heperiodicityofdistributionofk-wordfrequenciesintwokindsofproteinsequencesencodedbyL1，andrevealsthatpairsofaminoacidsinthetwokindsofsequencesobeytheWeibulldistributionunderthebackgroundofperiodicity．Consideringthedifferencebetweenworddomainandfrequencydo

6、main，fivetypesoffunctionalsofk-wordfrequency’usingShannoninformationandFisherinformation，aredefmed．Wefindthatmostrelationshipsbetweenfunctionalandwordlengthkfollowsexponentialorlogarithmicdistribution．Inthesecondpart,analysisonthetypesanddistributionofsp

7、licingsitesinAlusisdone，andindicatesthatnon—canonicalsitesareabundantasadeparturefromtheGT-AGrule．Thefrequenciesofnon-canonicalsplicingsitesvarywithchromosomes，suchasmoreresidingOnchr．11，chr．12，chr．17．Byastatisticalapproach，wefindthatthesplicingsitesares

8、ubjecttodinucleotideappearancesinAlus，andtherebysuchrepetitiveelementshaveincreasedtheversatilityofthegenome．KEYWORDS：mobileelement，periodicity,Weibulldistribution,Shannoninformationentropy,Fisherinformationen仃opy,non-cano