基于联合隐变量模型的癌症分子亚型分析

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1、中图分类号：UDC：学校代码：10055密级：公开蛊媳夫法硕士学位论文基于联合隐变量模型的癌症分子亚型分析Cancermolecularsubtypesprofilingbasedonjointlatentvariablemodel论文作者堂塾指导教师遄荩强亘』塾握申请学位王堂亟±培养单位筮鲑堂医学科专业过篁狃筮鲑量堡途研究方向塞奎撞坦量篮!垦捡塞答辩委员会主席董垩燮评阅人筮量董型銮南开大学研究生院二O一三年五月南开大学学位论文使用授权书根据《南开大学关于研究生学位论文收藏和利用管理办法》，我校的博士、硕士学位获得者均须向南开大学提交本人的学位论文纸质本及相应

2、电子版。本人完全了解南开大学有关研究生学位论文收藏和利用的管理规定。南开大学拥有在《著作权法》规定范围内的学位论文使用权，即：(1)学位获得者必须按规定提交学位论文(包括纸质印刷本及电子版)，学校可以采用影印、缩印或其他复制手段保存研究生学位论文，并编入《南开大学博硕士学位论文全文数据库》；(2)为教学和科研目的，学校可以将公开的学位论文作为资料在图书馆等场所提供校内师生阅读，在校园网上提供论文目录检索、文摘以及论文全文浏览、下载等免费信息服务；(3)根据教育部有关规定，南开大学向教育部指定单位提交公开的学位论文；(4)学位论文作者授权学校向中国科技信息研究所

3、及其万方数据电子出版社和中国学术期刊(光盘)电子出版社提交规定范围的学位论文及其电子版并收入相应学位论文数据库，通过其相关网站对外进行信息服务。同时本人保留在其他媒体发表论文的权利。非公开学位论文，保密期限内不向外提交和提供服务，解密后提交和服务同公开论文。论文电子版提交至校图书馆网站：http：／／202．113．20．161：8001／index．htm。本人承诺：本人的学位论文是在南开大学学习期间创作完成的作品，并已通过论文答辩；提交的学位论文电子版与纸质本论文的内容一致，如因不同造成不良后果由本人自负。本人同意遵守k述规定。本授权书签署一式两份，由研究

4、生院和图书馆留存。作者暨授权人签字：张劫2013年5月31日南开大学研究生学位论文作者信息论文题目基于联合隐变量模型的癌症分子亚型分析姓名张劫学号2120100408答辩日期201年5月26日论文类别博士口学历硕士钇硕士专业学位[高校教师口同等学力硕士口院／系／所软件学院专业计算机软件与理论联系电话15022165076EmailJosephzh0423@gmail．corn通信地址(邮编)：天津市南开区南开大学西区公寓4．1．205(300071)备注：无是否批准为非公开论文否注：本授权书适用我校授予的所有博士、硕士的学位论文。由作者填写(一式两份)签字后交

5、校图书馆，非公开学位论文须附《南开大学研究生申请非公开学位论文审批表》。南开大学学位论文原创性声明本人郑重声明：所呈交的学位论文，是本人在导师指导下进行研究工作所取得的研究成果。除文中已经注明引用的内容外，本学位论文的研究成果不包含任何他人创作的、已公开发表或者没有公开发表的作品的内容。对本论文所涉及的研究工作做出贡献的其他个人和集体，均已在文中以明确方式标明。本学位论文原创性声明的法律责任由本人承担。学位论文作者签名：—删—]2013年5月31日非公开学位论文标注说明(本页表中填写内容须打印)根据南开大学有关规定，非公开学位论文须经指导教师同意、作者本人申请

6、和相关部门批准方能标注。未经批准的均为公开学位论文，公开学位论文本说明为空白。论文题目申请密级口限制(≤2年)口秘密(≤10年)口机密(≤20年)保密期限20年月日至20年月日审批表编号批准日期20年月日南开大学学位评定委员会办公室盖章(有效)注：限制★2年(可少于2年)：秘密★10年(可少于10年)：机密★20年(可少于20年)摘要癌症不是单一类型的疾病，而是存在分子亚型的。其分子的复杂性体现在mRNA、DNA、蛋白质等多层次遗传物质中。仅分析其中一种数据并不能够完整揭示分子亚型的独有特点。综合分析所有基因组特征，有助于发现其中蕴含的复杂的变异模式。由于癌症

7、亚型往往不为人所知，需要通过聚类技术探索数据的潜在结构。不同类型基因组数据分别聚类的结果可能存在差异。如何获得一致的聚类结果是本文需要解决的问题。本文使用联合隐变量模型来解决这个问题。联合隐变量模型也称iCluster算法，2009年提出，是一个易于拓展的概率框架，能够综合分析多类型的数据。并产生跨类型一致的结果。本文详细介绍了联合隐变量模型的原理和框架。在包含四个细胞系样本的原发性乳腺癌数据集上证明了联合隐变量模型的有效性。联合隐变量模型使用L1稀疏约束对基因组特征的系数矩阵进行压缩，但L．稀疏约束没有考虑变量的相关性，没有考虑拷贝数变异的分段连续性。本文基

8、于Ll稀疏约束的不足提出使用Elast