基于unigene寻找山羊新的microrna及其靶基因

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1、分类号S813.3学校代码10129UDC636学号2009201007基于UniGene寻找山羊新的microRNA及其靶基因IdentificationnovelmicroRNAandtargetsingoatbasedonUniGene申请人：吕晓曼学科门类：农学学科专业：动物遗传育种与繁殖研究方向：生物信息学指导教师：李金泉教授张文广教授论文提交日期：二〇一二年六月摘要microRNA（miRNA）是一类长约22nt的非编码小分子RNA，通过与靶基因互补发挥转录后水平的负调控作用。有关山羊的miRNA及其靶基因研究相对匮乏。识别和

2、鉴定山羊miRNA及其靶基因，对于揭示miRNA在山羊基因表达调控中的作用至关重要。本论文根据miRNA在进化上的保守性，以已知动物的miRNA为搜索序列与山羊的UniGene进行BLAST比对来预测山羊新的miRNA分子，并通过荧光定量PCR分析这些miRNA分子在皮肤和肌肉中的表达情况；同时也筛选了这些miRNA对应的靶基因，并对这些靶基因的功能进行了分析。结果如下：1、通过基于UniGene的序列比对方法，预测得到了5条山羊miRNA分子（chi-miR-2284n、chi-miR-421*、chi-miR-421、chi-miR-

3、1839和chi-miR-374b；登录号：JQ002550-JQ002554），在山羊的皮肤和肌肉中均有表达，初步确定为山羊新的miRNA分子。其中chi-miR-374b、chi-miR-421和chi-miR-421*构成了山羊miRNA基因簇，chi-miR-2284n是牛和山羊特异的。2、绒山羊不同月份皮肤miRNA的实时定量结果显示，在2月份山羊体内发生了十分重要的分子事件使得chi-miR-1839、chi-miR-374b和chi-miR-2284n的表达量显著增高，可能促使绒山羊的次级毛囊从退行期进入休止期，绒毛停止生长

4、。该发现为进一步研究与绒毛生长相关的基因奠定了一定的基础。3、chi-miR-421和chi-miR-421*在皮肤和肌肉中都表达，且表达模式相同，即在10月份皮肤中的表达量显著高于其它月份的表达量，而绒生长的最快时期也为10月份，以此推测chi-miR-421和chi-miR-421*在10月份表达量的显著增高与促进绒毛生长有关联。4、利用鉴定出的5条新的miRNA序列，我们分别绘制了这5条miRNA分子在皮肤和肌肉中靶基因的图谱；对这些靶基因进行随机克隆测序得到了10条靶基因的序列，其中有两条靶基因是山羊特异的。关键词：UniGene

5、；miRNA；山羊；皮肤；肌肉；靶基因IdentificationnovelmicroRNAandtargetsingoatbasedonUniGeneAbstractmicroRNA(miRNA)isaclassofnon-codingsmallRNAwithroughly22nucleotides,whichregulatestheexpressionoftargetgenebybasepairinteractions.Goatisoneofthemostimportanteconomicanimalsforcashmereandme

6、atproduction.ThustoidentifymoregoatmiRNAsisverynecessaryforrevealtheimportantroleofmiRNAsinregulatinggeneexpression.Inthisstudy,weusedgoatUniGenetoidentifymiRNAbasedontheevolutionalconservationofmiRNA,andvalidatedthepredictedmiRNAbyRT-PCRmethod.Then,weperformedReal-timePC

7、Rtodetecttheexpressionlevelin12monthsskinandmuscle,predictedtheirtargetgenesandconductedthefunctionanalysisforthem.Theresultsfromthestudyareasfollows:1.UsingthemethodbasedongoatUniGene,weidentified5miRNA（chi-miR-2284n、chi-miR-421*、chi-miR-421、chi-miR-1839andchi-miR-374b）o

8、fgoat,allofthefivemiRNAwereexpressedinskinandmuscle.inwhichamiRNAclusteriscomposedofchi-miR-421*