基于随机森林的致病snps检测方法研究

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1、学校代号：10532学密号：S0910W134级：普通湖南大学专业硕士学位论文于随机森林的致病SNPs检测方法研堂焦史请厶丝名!型8俊态昱垣丝刍盈驱整!竖矗堡塾援鲎塞主直级王猩垣埴羞篁焦!塑直太堂信息抖堂皇王猩堂陵专业名称：电子与通信工程论文提交日期：2012年5月10日论文答辩日期：2012年5月26日签塑委员金圭虚!鏖这熬援基究：t．j誊爿‘lK⋯和饥蛐；订．-．M￥嚣u、。f．●≥‰tj。一t一．f—r叮1●i一!_f，_一：=H¨P¨皿n描惮K¨¨¨一壮竹m¨L．ih．n引¨“．1怍nk_1斗__¨M“．●h

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4、的研究成果。除了文中特别加以标注引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写的成果作品。对本文的研究做出重要贡献的个人和集体，均己在文中以明确方式标明。本人完全意识到本声明的法律后果由本人承担。作者签名：名蚋彳袭_三^日期：加他年／月乒日学位论文版权使用授权书本学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅和借阅。本人授权湖南大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存

5、和汇编本学位论文。本学位论文属于1、保密口，在年解密后适用本授权书。2、不保密团。(请在以匕相应方框内打“√”)作者签名：之砧氆互刷磴辄磁形、ll7厂1，、厶’LI／弓欧挺牙f日期：加p年彳月铲日日期：加／缉／月牛日}。1-

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7、型作图计划的完成，全基因组关联研究在技术上和费用上逐渐变得可以实行，因此对复杂疾病的致病基因检测是一个重要的研究课题。同时，复杂疾病一般都是由多个基因．基因相互作用的结果，因此基因间相互作用也将成为一个重要的研究方向。随机森林是一种新型的数据挖掘方法，逐渐开始应用于各个领域。随机森林方法不仅能够预测分类结果，而且能够计算变量重要性值，本文应用随机森林方法分析全基因组SNP数据集，计算每个SNP变量重要性值，变量重要性值越高的SNP致病性越强，以此为依据探测和疾病密切相关的SNPs。对风湿性关节炎模拟数据集和老年性黄斑

8、变性真实数据集生长出随机森林并计算每个SNP的变量重要性值，得到变量重要性值最高的SNPs，实验结果表明该方法可以作为致病SNPs检测的有效参考方法。随后，针对SNP—SNP相互作用组合数目过大问题，以及随机森林生成过程中分类树的数目、节点随机属性数目参数选择的可靠性问题，提出了一种基于随机森林的SNPs子集过滤方法，获得了数目较少的SNPs子集，并进一步的分析了单点或者SNP间相互作用关系。对老年性黄斑变性真实数据集实验结果表明，该方法可以有效的探测致病SNPs以及SNP．SNP间相互作用，对进一步的生化实验具有有

9、效的参考价值。关键词：随机森林；单核苷酸多态性；全基因组关联研究；复杂疾病n羹÷_二一葛二；闷唧m球砷Ⅵ一“饥一r一赫藜螯嚏∽托篓粤．．．ⅧI_一川制∥tu≯节～一_ir≯．n≯E蚧，jill∥．V小■．_!．酚一糕．乳■照¨M—馘鸭谴雒蹲∞弹器～麓。霞n淑妒l，，一¨．“h州n譬。训，箍一i¨三-}卜。．DⅧ一蛆妻剐谢曲沦啦瑶三r叶上■占，J