甘蓝型油菜种质资源遗传多样性ssr分析及芸薹属核心ssr引物筛选

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1、西南大学硕士学位论文甘蓝型油菜种质资源遗传多样性SSR分析及芸薹属核心SSR引物筛选姓名：魏丽娟申请学位级别：硕士专业：作物遗传育种指导教师：钱伟；付东辉20120601两雨大学坝士学位论又捅妾甘蓝型油菜种质资源遗传多样性SSR分析及芸薹属核心SSR引物筛选作物遗传育种专业硕士研究生魏丽娟指导教师钱伟教授付东辉博士摘要1．甘蓝型油菜种质资源遗传多样性SSR分析我国油菜育种的主要方法还是通过杂交育种，为了避免因选配时亲本遗传基础狭窄而造成育种效率低下的问题，我们有必要系统深入地研究中国甘蓝型油菜的遗传多样性，并对我国各时期主要栽培的甘蓝型油菜品种的遗传多样性和遗传基础进行研究

2、分析。甘蓝型油菜遗传多样性的研究对于种质资源的保存、评价、利用和杂交育种中亲本的选择具有重要意义。本文利用SSR标记对我国110份各时期主要栽培的甘蓝型油菜品种的遗传多样性和遗传基础进行研究分析，并对不同染色体片段的遗传变异进行了分析。1)利用105对SSR引物对110份甘蓝型油菜资源基因组DNA进行多态性分析。93对多态性引物共扩增出多态性位点213个，平均每对引物产生多态性带2-3个，多态性位点占总扩增位点的91．3％，表明中国半冬性甘蓝型油菜品种间遗传多样性丰富。其中，67对引物均匀分布于油菜的A和C基因组19条连锁群上；2)19个连锁群遗传多样性指数I变化范围从O．

3、184到0．500，平均值为0．377；Nei多样性指数(H)为O．080-o．353，平均为0．239。不同染色体变异的幅度不同；中国半冬性油菜中，A基因组较C基因组变异程度大，A基因组间变异程度更加丰富。3)半冬性材料的遗传距离为0．384，冬性材料的遗传距离为0．180，春性材料的遗传距离为0．168。结果表明，半冬性材料间遗传距离最大，存在丰富的遗传变异；4)对4个时期(1980年前，1980．1990，1991．2000和2001年以后)的中国半冬性甘蓝型油菜遗传多样性进行分析，结果表明，20世纪80年代中国油菜遗传多样性最小，90年代多样性最丰富，这与实际情况相

4、符；基于Nci’s遗传多样性分析得出的4个群体间遗传分化系数(Gst)为0．1257，基因流为3．478l。表明遗传变异主要存在于个体问。根据遗传相似度和遗传距离可知，90年代与2001年后的遗传相似度最高，1980年前间与2001．至今期间的遗传相似度最低。聚类分析表明，中国半冬性油菜20世纪80年代前后品种差异较大；这与中国甘蓝型油菜育种历史大致相同。主成公分析结果和聚类分析结果一致。2．芸薹属核心SSR引物筛选芸薹属是重要的油料作物，近年来，SSR标记由于其简易性，丰富的多态性和共显性，西南大学硕士学位论文摘要己成为重要的分子标记。现在已经开发了许多芸薹属物种SSR标

5、记，但并不是每个SSR标记有同等的价值，而且每次应用时必须进行筛选。因此，选择多态性较高、退火温度基本一致、扩增带型清楚的SSR引物非常重要。另外，核心SSR引物组合在不增加工作成本的前提下，可将分子标记的效率提高到3-5倍，具有操作简单，稳定性和重复性好等优点，特别适合芸薹属种质资源的鉴定、遗传多样性分析、缺体等异常染色体单株的鉴定和种子纯度鉴定等方面。本研究为了减少劳力，节约成本，我们从定位在19条芸薹属连锁群上的引物中挑选核心SSR引物，结果如下：1)从19条芸薹属连锁群的2353对引物中筛选出190对标准高效的核心SSR引物，每条10对引物，作为芸薹属核心SSR引物

6、；2)我们也建立了19套多重PCR，每条连锁群一套。4个芸薹属物种的20个材料被用来检验这些引物，结果表明，每个反应平均扩增出15条清晰的带型；3)对20个材料进行了聚类分析，将20个品种分为6大类。I类，5个品种全为白菜型油菜；H类为3个野生甘蓝品种，m类为1个野生甘蓝和一个人工合成甘蓝型油菜；Ⅳ类为5个栽培甘蓝；V类为甘蓝型油菜；野生甘蓝西落sfc口c，顿c口subSp．肠∞玎豇Ⅺ单独成一类，是第Ⅵ大类。这个结果与材料的起源基本一致。关键词：甘蓝型油菜，遗传多样性，SSR，核心引物，多重PCRn两南大学硕十学位论文AbstractGenomicdiversityinB，

7、．I晓鼬比口九日矽“srevealedwithSSRandcollectionofcoreprimerpairsofS1mplesequencerepeatMasterdegreecandidate：“juanW}eiSupeⅣisors：ProfessorW&OianDoctorDonghuiFuAbstract1．Gene6cdiVers姆柚alysisofA以印Ⅳsgeno眦u如gSSRhord盱t0howtlle蹦l商calt剃。璐0f髓peSeed∞ltivars，iIlt11isstIldytllege