中国家鸡和红色原鸡遗传多样性及亲缘关系分析

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1、中国家鸡和红色原鸡遗传多样性及亲缘关系分析研究生：包文斌导师：陈国宏教授专业：动物遗传育种与繁殖(扬州大学动物科学与技术学院，扬州225009)中文摘要本试验使用多重PCR结合全自动电泳技术，利用29对国际通用的微卫星引物对仙居鸡、茶花鸡、鹿苑鸡、白耳鸡、藏鸡、固始鸡、大骨鸡、河南斗鸡、狼山鸡、泰和乌骨鸡、萧山鸡、北京油鸡、淮南麻黄鸡和皖南三黄鸡等14个中国家鸡品种以及红色原鸡Gallusgallusspadiceus亚种和Gallusgallusgallus亚种的570个个体进行扫描，讨论样本量、性别和微卫星座位数对微卫星分析

2、中群体遗传多样性指标的影响以及近缘物种间微卫星引物的适用性，同时对中国家鸡和红色原鸡的256个个体mtDNAD，loop序列进行系统分析，利用微卫星DNA和mtDNA共同评估群体的遗传结构和遗传关系，分析群体问和群体内的遗传变异，探讨中国家鸡和红色原鸡的亲缘关系。主要研究结果如下：1．利用29对微卫星标记对16个群体内和群体问的遗传多样性进行分析，共检测到286个等位基因，平均值为9．86二i：6．36，所有群体的期望杂合度为O．6708土0．025l，PIC值为O．52，29个微卫星位点均具有较高的多态性。单个位点偏离Hard

3、y．Weinberg平衡的群体数从0到7不等。群体问平均遗传分化为16．7％(尸

4、ure程序运行结果显示，16个群体可以分成轻体型的鸡种(包括8个群体：泰国红色原鸡、中国红色原鸡、茶花鸡、藏鸡、仙居鸡、固始鸡、白耳鸡和泰和乌骨鸡)和重体型的鸡种(包括8个群体：皖南三黄鸡、淮南麻黄鸡、大骨鸡、河南斗鸡、狼山鸡、北京油鸡、鹿苑鸡和萧山鸡)两大类。藏鸡、皖南三黄鸡和淮南麻黄鸡遗传基础非常复杂，鹿苑鸡和萧山鸡彼此之间遗传基础十分类似。茶花鸡和藏鸡与中国红色原鸡存在着较近的亲缘关系，与泰国红色原鸡亲缘关系相对较远。中国家鸡和红色原鸡两个亚种的亲缘关系从近到远的排序是：进化型品种一原始型品种(茶花鸡与藏鸡)一中国红色原鸡

5、(Gallusgallusspadiceus亚种)一泰国红色原鸡(Gallusgallusgallus亚种)。3．利用微卫星DNA和mtDNA遗传标记分析15个中国鸡种遗传距离与地理距离的关联性，对于特定的群体而言，微卫星DNA和mtDNA遗传距离与地理距离表现出相当程度的关联性，但15个鸡种间遗传距离和地理距离回归公式：FST／(1一FSn=一1，0283-0．04071n(d)以及Mantel’S检验的结果妒=0．596)并不能为遗传距离与地理距离之间的显著联系提供足够的证据。线粒体D．100p序列的差异与群体间的地理分布也

6、没有相关。中国地方鸡种的形成过程中，各自的地理分布可能并不是影响其群体遗传结构的决定因素。4．以实际测定的29个微卫星座位的基因频率为基础，分析样本量、性别和微卫星座位数对微卫星分析中群体遗传多样性指标的影响。结果表明：当样本量超过20后，期望杂合度值趋于稳定，样本量以20．25较为适宜，样本量与期望杂合度无显著相关，而与平均等位基因数呈正相关：微卫星位点多态性的高低直接影响到检测所需的样本量，在使用平均等位基因数分析群体遗传多样性时，应该充分考虑样本量对检测结果的影响；期望杂合度受样本量变动的影响较小，可作为度量群体遗传多样性

7、的一个最适参数；在微卫星分析中性别对群体遗传多样性指标不表现出显著影响：随着微卫星数目的增多．遗传距离估测精确度精度也随着升高。5．对近缘物种间微卫星引物的适用性进行尝试，利用29对鸡微卫星标记对孔II雀基因组DNA进行种间扩增，发现14对引物能扩增出特异性条带，每对引物扩增的平均等位基因数为1．71，有7对引物具有较丰富的多态性，其中MCW0080和MCW0098最为理想。蓝孔雀和绿孔雀群体间和群体内的遗传分析结果表明，绿孔雀和蓝孔雀两个群体的期望杂合度分别为O．7422和O．6943，群体间的遗传分化系数为O．078，Rey

8、nolds’遗传距离和基因流分别为O．0603和3．896，结果显示这两个7L雀群体的杂合度和遗传多样性水平都很低，且有相互混杂的趋势。6．对中国家鸡和红色原鸡的256个个体mtDNAD—loop序列进行系统分析，测定16个群体线粒体D．100p部分序列大小约为