通过共表达网络地分析wgcna地研究前列腺癌症中特异表达因子

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1、学位论文独创性声明一、学位论文独创性声明本人声明所呈交的学位论文是本人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。据我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果，也不包含为获得南昌大学或其他教育机构的学位或证书而使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作了明确的说明并表示谢意。学位论文作者签名（手写）：签字日期：年月日二、学位论文版权使用授权书本学位论文作者完全了解南昌大学有关保留、使用学位论文的规定，同意学校有权保留并向国家有关部门或机构送交论文的复

2、印件和电子版，允许论文被查阅和借阅。本人授权南昌大学可以将学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编本学位论文。同时授权北京万方数据股份有限公司和中国学术期刊（光盘版）电子杂志社将本学位论文收录到《中国学位论文全文数据库》和《中国优秀博硕士学位论文全文数据库》中全文发表，并通过网络向社会公众提供信息服务，同意按“章程”规定享受相关权益。学位论文作者签名（手写）：导师签名（手写）：签字日期：年月日签字日期：年月日论文题目姓名学号论文级别博士□硕士□院/系/所专业联系电话E_

3、mail通信地址(邮编)：备注：□公开□保密（向校学位办申请获批准为“保密”，年月后公开）II万方数据摘要摘要前列腺癌是男性的世界第二大最常见的癌症，而每年的发病率有增加的趋势。所有的男性都可能罹患前列腺癌，这些情况值得引起重视。全世界范围内来说，约1/6的男性可能被诊断出前列腺癌，而在这1/6的男性中，1/36的人因此死亡。虽然，亚洲男性，尤其是中国男性，相对于欧美男性的发病率要低很多，但是近年来中国男性的前列腺癌越来越呈多发趋势，已经成为了危害我国中老年男性的重要疾病之一。随着测序数据大规模产生，肿瘤的发生与发展，不

4、论是在细胞水平，还是在分子水平的变化上，科学家们对此都有了更深刻的认识，即前列腺癌是一种有多基因共同作用的复杂的癌症。其中PI3K/AKT/MTOR途径，WNT途径，TGF-β/SMAD途径表达的改变，可能可以增强肿瘤细胞的生长，转移和侵袭能力，尤其是PI3K/AKT/MTOR途径，在前列腺癌中具有很重要的作用。但遗憾的是，目前科学家对于前列腺癌发生发展过程中的机制了解还不够深入。所以，研究前列腺癌与其他癌症之间的异同，可以为前列腺癌的发生发展提供重要基因水平的依据。同时，前列腺癌的早期诊断在前列腺癌的治疗中具有非常重要

5、的临床意义。PSA（prostatespecificantigen，前列腺特异抗原）是目前广泛用于检测前列腺癌的重要标志物。但是PSA并非肿瘤特异的标志物，前列腺炎症的发生也会导致PSA检测阳性。因此，我们有必要筛选出更加特异、有效的靶分子。在基因芯片，测序技术的产生，使得一次性检测成千上万个基因的表达谱成为可能。传统单基因的分析方法已经被淘汰了。而随着越来越多的数据的产生，对生物信息学分析方法提出了更高的要求，迫使科学家们必须使用生物信息学将海量的数据整合，分析，并从中筛选出合适的基因，并必须揭示海量的基因与复杂的生物

6、学功能之间可能存在的联系。为此，本研究使用了测序，芯片的方法，结合WGCNA共表达网络分析，GO，KEGG等生物学功能数据库，试图为今后前列腺癌的研究，提供一些新的观点。【目的】本研究利用R语言中的bioconductor中的WGCNA（WeightedGeneCo-expressionNetworkAnalysis,加权基因共表达网络分析）分析包对来自于基因表达数据库GEO（GeneExpressionOmnibus）中分别来源于两篇文献，共40个前II万方数据摘要列腺癌症RNA-seq数据（Gleasonscore>

7、6），20个前列腺癌旁组织RNA-seq数据（normal），以及16个肺癌RNA-seq数据，3个肝癌以及对应的3个癌旁组织RNA-seq数据，10个急性白血病RNA-seq数据，5个乳头状肾癌RNA-seq数据做生物信息学分析，并随后使用5种前列腺癌症常用细胞系:PrEC、PWRE、DU145、LNCaP、VCaP的RNA-seq数据进行比对。并使用了约600个affymatrixPLUS2.0A芯片数据，以及1000个TCGARNA-SEQ测序数据进行验证。在数据比对的基础上，利用Cytoscape软件，GO,KE

8、GG,Rectome等数据库，对数据的生物学意义进行深入分析。为了了解前列腺癌与其他组织癌症之间的关系，通过系统的研究特异表达基因的转录调控网络，以及相关的生物学通路，从而更深入的探讨前列腺癌症组织中特异表达的基因的变化以及相关的生物学特性，阐述前列腺癌症的发展的分子机制。本研究希望可以使用现有的数据库，更好的使用现