桃香气候选基因连锁图谱定位以与相关性遗传分析

桃香气候选基因连锁图谱定位以与相关性遗传分析

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1、浙江大学硕士学位论文(2010)大多数来自蔷薇科果树的DNA探针),获得了与桃单倍体染色体数相同的8条连锁群,总的遗传距离是519cM,平均密度为2.0cM/标记,最大的距离为12cM/标记。随后,这个图谱增加了185个简单重复序列(SSR),126个RFLPs(大部分是从拟南芥的DNA探针),5个EST序列标签进行了扩充(Aranzana等,2003;Dirlewanger等,2004)。2005年应用“区间作图法”,又使TxE图谱增加了264个SSRs标记(Howad等,2005),目前整个TxE图谱包含817个标记,其中756(92%)是基于已发表的DNA序列。其中第一连锁群G1最长,8

2、7cM,与细胞学观测1号染色体明显较长相符合,其余连锁群的平均长度61cM。这个图谱不仅为这个李属提供了一个共同标记名词术语,相同的连锁群编号以及标记次序参照,而且应用其高度的杂合后代可以定位多数群体不能分离的基因标记。一些多态性好的SSR标记可以应用在其它桃后代的图谱构建中起到位置锚定作用。国际从事李属基因组和遗传研究的科学界已把TxE图谱作为整个李属的参考图谱。EST作图尝试了把600个EST序列定位在TxE图谱,成为国际上新标记加密、EST转录图谱和BAC物理图谱构建的主要参照。重要性状基因的定位及其相应连锁图谱的构建目前已经有多种单基因控制的植物学和农艺性状被定位于桃或李属参考的遗传连

3、锁图谱上(表1—1),包括垂枝、柱型、红叶、油桃、桃,果肉颜色以及粘离核性状等,抗根结线虫、果实大小,重量、形状、果皮颜色、果实糖、酸、溶质和粘核性等主效应基因位点已初步鉴定。Direwanger等汇总出27个简单性状在分连锁群的位置(Dirlewanger等,2004;Dirlewanger等,1999;Etienne等,2002)。果树中有大量的重要农艺性状、经济性状如产量、生育期、抗逆性、萌芽期、抗病性、树形、成熟期及许多与果实品质相关的性状(可溶性固形物、PH、有机酸)都为数量性状。Rajapakse-等(1995)1)J,‘Baily’和‘Suncrest’的F2代为作图群体,对影响

4、果实品质的5个数量性状(大小、重量、果汁pH、含糖量、可溶性固形物)进行了QTsL定位。Viruel等(1998)对控制抗桃卷叶病I绚QTLs进行了定位,发现抗桃卷叶病的QTLs分布在6个连锁群上,其中两个稳定表型效应的QTLs被分别定位在第2和第3条连锁群上,但遗传连锁图谱含9个连锁群。Sosinki等(1998)确定了影响可溶性固形物、pH、耐冷、成熟与果实大小的12个QTLs,其中7个QTLs定位到复合连锁图上。Dirlewanger等(1999)利用普通]f兆(Summergrand)和2浙江大学硕士学位论文(2010)山桃(JD.davidiana)得到的77个杂种针对白粉病进行了5

5、个独立试验,为了构建抗病基因图,用同工酶和RAPD标记对杂交群体的基因型进行分析,得到了包含15个RAPD标记、覆盖普通桃基因组831.1cMI狗Summergrand遗传连锁图谱,以及另一个包含84个RAPD标记、一个同工酶标记、覆盖桃基因组536cM的山桃连锁图,山桃有一个主效和5个微效基因,Summergrand有3个微效基因。证明了抗白粉病性状不是一个单基因控制的性状,而是至少由1个主基因和5个微效基因共同控制。Quarta-等(2000)建立的遗传图谱,包括lo个I疆LP标记、26个RAPD标记,8个连锁群,总长257cM,标记间平均相距7.6cM;并且将叶腺形、粘核基因分别定位在第

6、7条和第4条连锁群上,同时还对抗白粉病、树形、开花及成熟期等性状进行QTLs分析,在第7条连锁群上发现一个抗白粉病的主基因,它与形态特征叶腺形紧密连锁。开花、成熟期、果实品质性状的QTLs在桃上已被检测。最近,Ebenezer等(2009)为了便于李属植物果实品质(果实质地、色素、风味,冷响应等)的遗传研究,用罐JOIDr.Davis和鲜食种GeorgiaBelle进行杂交,并以其F2代作为群体,构建了含有133个果实品质候选基因的遗传连锁图谱。该图谱覆盖桃整个基因组818.2cM,平均距离4.0cM。包括3个形态学标记,11个成熟相关候选基因,13个冷害响应基因,79个SSR标记,40个RA

7、Fs,23个SRAPs,14个IMAs和28个候选基因连锁标记,其中有39个SSR标记与TxE图谱有共线性。随后又将158个标记通过选择作图法定位于该图谱中,包括l09个候选基因和49个SSR标记。所定位的基因中,34"色素候选基因B一胡萝卜素羟化基因、白花素双加氧酶基因及玉米黄素环氧酶分别定位在第2、5、7连锁群上。1个蔗糖磷酸合成基因定位于第1连锁群上,同时通过克隆定位,从冷害抗性基因中得到1

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