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1、'合作猪'TDRP1基因的克隆及生物信息学分析蒋应弟滚双宝袁慧芳曾国敏高景波甘肃农业大学动物科学技术学院兰州大学第一医院甘肃农业大学生命科学技术学院摘要：【目的】丰富猪TDRP1基因研究的基础数据.【方法】以猪MOI198925序列为参考，设计特异性引物，通过克隆测序获得'合作猪'TDRP1基因完整CDS序列,并进行生物信息学分析，同时采用实吋荧光定量PCR方法检测TDRP1基因在不同组织屮的表达特性.【结果】获得了TDRP1基因完整的CDS序列（GenBank登录号:KU743254）,共684bp,其编码186个氨基酸多肽.与参考序列相比，在编码区第33、348位点处
2、发生了同义突变（C-G、C->T）.TDRP1基因分子式为C897Hl421N259O287S2,理论等电点（PI）为5.86,不稳定系数为62.66,疏水指数为64.03,平均亲水性为-0.939,属不稳定可溶性酸性蛋白质•二级结构以无规则卷曲和螺旋为主，属混合类蛋白质•亚细胞定位结果显示，TDRP1编码的蛋白质在遗传物质复制和转录、翻译过程中发挥功能的可能性分别为26.3%、14.3%,明显高于发挥其它功能的可能性・mRNA表达分析表明，TDRP1基因在垂体和睾丸中高表达，肺、肾、小脑、卵巢中度表达，肝、脾、大脑、胃、小肠中低表达，心脏组织中不表达.【结论】成功克隆了
3、'合作猪’TDRP1基因的完整CDS区序列，并发现了2个SNP位点；多组织转录表达分析表明TDRP1在垂体和睾丸屮表达较高，可为深入研究TDRP1基因的功能提供参考.关键词：合作猪;TDRP1基因；精了;生物信息学分析;作者简介：蒋应弟（1986-）,女，硕士研究生，研究方向为动物遗传育种与繁殖.E-mail:529149896@qq.com作者简介：滚双宝，男，博士，博士生导师，研究方向为动物遗传育种.E-mail:gunsb@gsau.edu.com收稿日期：2016-03-12基金：甘肃省科技重人专项“高繁殖力猪新品系选育研究”（092NKDA036）Cloning
4、andbioinformaticsanalysisofTDRP1geneinHezuopigJIANGYing-diGUNShuang-baoYUANHui-fangZENGGuo-minGAOJing-boCollegeofAnimalScienceandTechnology,GansuAgriculturalUniversity;TheFirstHospitalofLanzhouUniversity;CollegeofLifeScienceandTechnology,GansuAgriculturalUniversity;Abstract：[Objective】The
5、studyaimedtoenrichbasicdataofpigTDRP1gene.【Method]SpecificprimersweredesignedaccordingtocDNAsequeneeofYorkshireTDRP1geneintheGenBank(AccessionNO.:NM-001198925).TheTDRP1genewereamplifiedbyRT-PCRinHezuopig,TAcloning,nucleicacidsequencingtechnologyandbioinformaticsanalysisofTDRP1gene.Meanwhi
6、le,qPCRwasusedtodetecttheexpressionofTDRP1geneindifferentorgantissues.[Result]The684bpintegralCDSsequeneeinHe/uopigwasgotbycloningsequence,whichencoded186aminoacids.Comparedwithreferencesequence,thesequencehadtwoSNPsiteson33and3481ocation(C->G>C—T).ThemolecularformulaofproteinencodedbyTDR
7、P1geneinHezuopigwasC897H1421N259O287S2,thetheoreticalisoelectricpointwas5.86,theinstabi1itycoefficientwas62.66,thehydrophobicindexwas64.03,andtheaverageofhydrophilicwas-O.939,belongingtounstableandsolubleacidicprotein.ThesecondarystructureofTDRPwasmainlyintheformofa
