ssr鉴定水稻两系杂交种纯度的运用与探讨ⅳ.不同品种同一引物检测试验

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1、SSR鉴定水稻两系杂交种纯度的运用与探讨Ⅳ.不同品种同一引物检测试验　　摘要：根据引物筛选结果，选出9个均可用SSR引物RM17检测纯度的两系杂交稻品种，通过室内鉴定判断品种间的分子学差异。同时通过田间正季鉴定判断品种间的植物学特征差异，探讨SSR引物的分辨力和可靠性。结果表明，当遗传背景较近的品种相互混杂时，用单对引物不能有效区分。　　关键词：两系杂交稻；SSR；不同品种；同一引物；纯度鉴定；比对　　中图分类号：S511；Q789文献标识码：A文章编号：0439-8114（2012）21-4720-02　　StudyonDetectionofSeedPurityofTw

2、o-lineHybridRicebySimpleSequenceRepeat（SSR）Ⅳ.ExperimentsofDetectingDifferentVarietiesbySamePrimer　　ZHAOHong1，ZHANGYu-fei1，LINMei1，LIAOFang-li1，XIONGXian-feng1，TUShu-xin2，ZHANGKai3　　（1.SeedAdministrationBureauofJingzhou，Jingzhou434020，Hubei，China；2.HuazhongAgriculturalUniversity，Wuhan43007

3、0，China；　　3.CollegeofAgriculture，YangtzeUniversity，Jingzhou434025，Hubei，China）6　　Abstract：Accordingtoprimersortingresults，seedsof9two-linehybridricevarietiesofwhichthepuritycouldbedetectedbySSRmarkerRM17werechosentoidentifytheirmoleculardifferencesbylaboratorytests.Atthesametime，thediscre

4、tionanddependabilityofSSRmethodswasevaluatedbythemorphologicalandbiologicaldifferencesinthefield.Itwasconcludedthatvarietieswithsimilargeneticbackgroundcouldnotbedistinguishedbyonlyonepairofprimer.　　Keywords：two-linehybridseeds；differentvarieties；onepairofprimer；purityidentity；alignment　　

5、利用SSR分子标记鉴定两系杂交稻种子纯度，具有快速、稳定、重复性好、多态性明显的优点，是现在室内鉴定种子纯度应用最广泛的分子标记方法。该方法一般是从大量的引物中筛选出多态性高、共显性强，双亲谱带清晰的1对引物，然后用这1对引物来鉴定杂交稻种子的纯度[1-7]。但是往往1对引物对多个品种都具有多态性，且符合引物筛选的标准，就意味着1对引物可用于多个品种的纯度鉴定，这为筛选引物和鉴定品种提供了方便。可是如果这些品种之间发生了混杂，用目前的方法是否也能发现并得到准确的纯度鉴定结果却鲜见报道[1，8，9]。为了探讨同一引物对不同品种间混杂株的分辨率，判断单对SSR引物测定两系杂交

6、稻种子纯度的准确性和可靠性，特开展此试验。　　1材料与方法　　1.1材料6　　本试验共用9个杂交稻品种做材料，其中天两优616、两优17、苯两优639三个品种由湖北省种子管理局提供；丰两优香1号、荆两优10号、深两优5814、两优6326、Y两优1号、扬两优6号6个品种由荆州市种子管理局从市场上抽取商品种子，并经生产企业确认。　　所用引物及试剂均由北京鼎国生物有限公司提供。　　1.2DNA模板制备和引物选择　　DNA模板的制备：每个品种从田间抽取10株标准单株，用农业部推荐的简易法提取DNA，用这10株单株的混合DNA作为模板进行鉴定。　　引物选择：选取在两系杂交种纯度检

7、测时使用频率较高，且上述9个品种均可使用的RM17作为检测引物。　　1.3PCR反应体系　　PCR扩增反应总体积10μL：10×buffer1μL，10mmol/LdNTP0.2μL，50ng/μLprimer0.2μL+0.2μL，2U/μLTaq酶0.6μL，25ng/μLDNA1μL，ddH2O6.8μL。PCR扩增程序：94℃预变性4min；94℃变性15s，55℃退火15s，72℃延伸30s，35个循环；72℃下延伸7min。扩增产物在浓度为3%、含EB的琼脂糖凝胶中进行电泳后，应用凝胶成像系统观察记录。　　1.4田