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2、J.A.,Gelin,B.R.&smallproteininvacuumKarplus,M.(1977)Nature267,585–590.A210pssimulationof单击此处编辑母版标题样式Levitt,M.&Sharon,R.(1988)thesameproteininProc.Natl.Acad.waterSci.USA85,7557–7561.Theincreaseincomputingpower单击此处编辑母版副标题样式Improvementinthepotentialfunc
3、tionsMuchlargerproteins1,000-10,000timesaslongastheoriginalsimulation(10-100ns)Waterandsaltconditions单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版副标题样式单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版副标题样式分子动力学的应用：单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版副标题样式•蛋白折叠研究•蛋白模型优化•酶催化反应机理研究•配体-受体诱导契合研究•蛋白结构与功能关系研究•自由能计算研究◆Misfoldi
4、ngisinvolvedinarangeofdisease.Dobson,C.M.(2003)Nature426,884–890.◆Howdoesaproteinfold?◆Problem!FoldingisslowProteinfolding(Eventhefastestproteintakemicrosecondstofold)◆SimplifiedmodelsareusedinsimulationoffoldingMentoCarlodynamicsSimplifiedbeadmodels
5、onacubiclatticeDobson,C.M.,Sali,A.&27-beadpolymertonativestateKarplus,M.(1998)Manyordersshorterthanrequired(~5×10steps----Angew.Chem.37,868–---10possibleconfigurations7893.Generallyacceptedasthe16solutionofthesearchprobleminproteinfolding单击此处编辑母版标题样式
6、单击此处编辑母版副标题样式DiscretemoleculardynamicsalgorithmsZhou,Y.&Karplus,M.(1999)Nature401,400–403.Itislikelythatwithinthenext10yearsabinitiofoldingwillreachthestageatwhichitcanbeusednotonlytodeterminethedetailsofthefoldingmechanismbutalsotoaidinsolvingthe单击此
7、处编辑母版标题样式‘‘other’’foldingproblem,thatofdeterminingthestructureofthenativestatedirectlyfromthesequencebymoleculardynamicssimulations.单击此处编辑母版副标题样式EnzymecatalysisQM/MM单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版副标题样式MolecularMechanicalQuantumMechanicalATPHydrolysisbyMyosin单击此
8、处编辑母版标题样式单击此处编辑母版副标题样式Futureprospects•Transitionpathbetweenlowenergyregion----energybarriers•ExperimentstructurebiologistuseMDProduct•Reactionpathsearchmethodsand单击此处编辑母版标题样式improvedtreatmentofsolventbyimplicitReactantmethod单击此处编辑母版副标题样式MDinstructure
