昆植超算用户手册簿

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1、实用标准文案昆明超算分中心用户试用说明昆明超算分中心采用的是曙光5000系列的高性能集群计算机系统，其整体计算能力理论峰值为10Tflops。2009年12月完成安装，现已投入试运行。本文主要介绍该计算机的整体的软硬件环境，以及机器的使用方法。1机器基本软硬件环境1.1硬件部署昆明超算分中心采用60台曙光刀片服务器、两台曙光8路胖节点为计算服务器，10台机架式服务器作为IO、登陆管理及网格服务器，网络系统由千兆网和Infiniband高速网构成，存储系统为100T的盘阵。具体安装配置情况如下：1）计算节点：Node1至Node060为曙光TC2600刀片服务器（4路4核，32G

2、内存），Node61、Node62为8路4核胖节点，配置128G内存，供需要大内存的计算任务使用。共用1024个核供高性能计算使用，可提供9万亿次的理论计算能力。2）IO节点（Node63至Node68）：4台机架式服务器组成Lastre并行文件系统IO节点，连接84T盘阵；另有两部服务器构成HA双机节点，连接16T盘阵（NSF文件系统），为Solexa测序仪提供高可靠的IO传输保障。3）管理及登陆节点：Node69为用户登陆节点；Node70为管理节点，曙光配置的集群管理系统Gridview，Platform公司的LSF作业管理系统等管理软件安装部署在该节点上。5）存储系统：

3、配置了100T盘阵，其中84T部署为并行文件系统Lustre（做完raid6加热备后，剩余约60T），16T的空间部署为网络文件系统NFS（做完raid6加热备后，剩余约12T），挂载在双机节点的/Solexa下，保证测序数据的实时高可靠传输。6）网络配置：系统配置两套网络，千兆网和Infiniband网。超算中心网络以光纤与研究所内网连接。1.2系统软件部署精彩文档实用标准文案1）操作系统：计算节点和前端接入节点的操作系统均为64位SuSELinuxEnterpriseServer10，提供了一个标准的64位Linux操作环境，用户需要事先适当熟悉命令行方式的基本Linux操

4、作，特别是文件目录操作，并应该会熟练使用一种编辑器(vi等)。2）作业管理系统：采用Platform公司的LSF作业管理系统。为保障计算系统有效利用众多处理器核心所提供的计算能力，必须有一个统一的作业管理系统，统一地跟用户交互，接收提交的各类计算任务，统一地分配计算资源，将各种各样的用户作业具体指派到节点上执行。对用户来说不需要关心计算具体是在哪里进行的，系统会自动按照优化原则调度，这不仅方便了用户的使用，而且提高了整个系统的利用率。作业管理系统是整个超级计算机最重要的软件环境之一，因此我们安装配置了目前最常用的LSF(LoadSharingFacility)作业管理系统。3）

5、编译环境：系统安装的编译器、并行环境以及数学库见下表：分类名称路径版本说明编译器intel编译器/public/software/intel10.0.23包含C,C++,Fortran77,Fortran90编译器pgi编译器/public/software/pgi7.1.4包含C,C++,Fortran77,Fortran90编译器。包含acml数学库MPIopenmpi-gnu/public/software/mpi/openmpi132-gnuopenmpi1.2.8支持infiniband和千兆网，使用mpicc等mpi编译器时调用gnu编译器openmpi-intel

6、/public/software/mpi/openmpi132-intelopenmpi1.2.8支持infiniband和千兆网，使用mpicc等mpi编译器时调用intel编译器openmpi-pgiopenmpi1.2.8精彩文档实用标准文案/public/software/mpi/openmpi128-pgi支持infiniband和千兆网，使用mpicc等mpi编译器时调用pgi编译器数学库Gotoblas－gnu/public/software/mathlib/libgoto-gnu.aGotoblas1.26目前已知的性能最好的blas库，使用gcc和g77编译l

7、apack－gnu/public/software/mathlib/liblapack_gnu.a　使用gnu编译器编译的lapack库fftw2-float/public/software/mathlib/fftw215-float-gnu/fftw2.1.5单精度fftw3-float-gnu/public1/software/mathlib/fftw312-float-gnu/fftw3.1.2单精度MKL/public/software/intel/Compiler/11.1/059