高分子链塌缩与流场驱动高分子链迁移穿过微通道过程的耗散粒子动力学模拟

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时间:2018-12-02

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1、摘要同时,我们的模拟结果还统计了高分子链穿过微通道所需的时间τ与链长N,流量J和高分子链刚性1λP的关系。结果发现,当高分子链较长时,τ与链长N呈线性关系,且随着流量增大而逐渐变短;而1λP越大,刚性越强,τ越短。关键词:耗散粒子动力学,淬火,“无规线团-塌缩小球”转变,流场驱动,高分子链迁移IIAbstractAbstractTheequilibriumpropertiesanddynamicsbehaviorsofpolymersindilutesolutionundergovariousres

2、ponsestodifferentexternalchanges.Inrecentdecadesofyears,theextensiveinvestigationinthisareaisprimarilymotivatedbytheintensecurrentinterestinthebiophysicsproblems,e.g.proteinfolding;transportofproteinorsingle-strandDNAthroughmembranechannels.Besides,und

3、erstandingthefundamentalprocessofthesephenomenonshasabroadrangeofpotentialapplicationsinBiologicalEngineering,ChemicalEngineeringandsoon.Forexample,ithelpsdiagnosingsomediseaseswhicharecausedbymis-foldingofrelatedproteins;orithelpsrapidDNAsequencingind

4、ucedbyanelectricfield.Inthisarticle,weuseDissipativeParticleDynamicsmethodtoinvestigate“coil-globule”transitionandflowinducedpolymertranslocationthroughmicrochannels.First,weinvestigatethedynamicsbehaviorof“coil-globule”transition.Singlepolymerinsoluti

5、oncollapseswhensolventisquenchedfromgoodtopoor.Researchersgraduallynoticedthathydrodynamicsinteractionandsolvent-inducedmany-bodyeffectplayimportantrolesinthecollapsepathwayandtotalduration.DissipativeParticleDynamicsisamesoscopiccoarse-grainedsimulati

6、onmethodinwhichthetwoeffectsarepreservednaturallybyincorporatingexplicitsolventparticlesinthemodel.Oursimulationsuggestsafive-stagecollapsepathway:localizedclustersformation,clustercoarseninginsitu,coarseninginvolvingglobalbackboneconformationchange,ro

7、undingofaspheroidintoacrumpledglobule,andcompactionoftheglobule.Forallthequenchdepthsandchainlengthsusedinourstudy,collapseproceedsalong“pearl-necklace”pathwaywithoutthechaingettingtrappedinametastable“sausage”configuration,asreportedinsomeearlierstudi

8、es.Weobtainthetimescalesforeachofthefirstfourstages,aswellasitsscalingwiththequenchdepthsξandchainlengthsN.Thetotalcollapsetimescalesasτξ−,withthequenchdepthξanddegreeofpolymerizationN.c~N0.460.98IIIAbstractNext,thedynamicsofflow-induce

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