《后基因组研究》ppt课件

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1、后基因组研究任务与目标人类对自身的认识过程目前的研究内容基因的cDNA基因cDNA的克隆基因cDNA的功能预测基因的功能研究方法基因转录调控研究基因相互作用的研究基因功能研究的应用1一，破解贮存于基因组之中的遗传语言，这种语言不同于现在人类已知的所有语言；二，识别、分离、鉴定和克隆所有基因（现在只克隆出一万多个）；三，搞清每个基因的功能及基因之间的相互作用和相互关系。任务与目标2人类对自身的认识过程整体水平细胞水平分子水平器官水平3一，基因的cDNA1，识别、分离、鉴定和克隆所有基因,2，确定所有基因的功能，3，确定所有基因

2、的表达谱及调控机制。二，基因的多态性1，多态性的种类及定位，2，基因的多态性与功能的联系，3，单核苷酸多态性（singlenucleotidepolymorphismsSNPs）。目前的研究内容4基因的cDNA5转录调控区基因表达区起动子促进子外显子3外显子2外显子1内含子内含子转录起始点真核基因的结构6基因cDNA的克隆7cDNA的概念DNA5‘3‘转录，剪接mRNAAAAAAAA逆转录（用TTTTTT引物）cDNA第一链外显子以cDNA第一链为模板，合成互补的cDNA第二链cDNA3’引物5’引物8基因cDNA的意义人工

3、地翻译基因编码蛋白质1，研究基因编码蛋白质的功能2，从核苷酸水平研究基因功能3，扩増基因4，生产基因重组的产品研究基因的功能实际上是通过研究基因的cDNA来实现9大规模克隆基因cDNA的策略估计人体有30亿对核苷酸，10万个基因，迄今克隆得约1万多个基因必须克服的障碍：1，低丰度mRNA基因的克隆---mRNA的富集2，避免大量的重复---差减法3，cDNA的全长完整性---cDNA第二链的合成4，大规模测序---高通量测序仪的应用10基因cDNA的功能预测Bioinformatics11核苷酸水平1，cDNA全长完整性2，

4、阅读框（ORF，openreadingfram）3，核苷酸序列同源性比较4，染色体定位蛋白质水平1，氨基酸序列同源性比较2，功能域预测3，信号肽预测4，亚细胞结构定位生物信息学（Bioinformatics)分析12第22号染色体13Start(bp)End(bp)LocusObservationTitleNameMethod2617224046AP000522.1PredictedSimilartogeneTr:P338973454957634550048AC002055.4PredictedMatchesgeneESTc

5、lusterChromosome22GeneandPredictedGene22号染色体至少有34550048bp,按人体共有30亿bp，10万条基因估算，应有900基因,而生物信息学预测237基因。因此还需用其它方法确定基因，cDNA克隆就起很大的作用。14基因的功能研究15基因表达谱用于功能研究1，组织、细胞表达谱2，差异的组织、细胞表达谱3，诱导的细胞表达谱表达谱专用技术1，SAGE分析2，生物芯片技术基因芯片，细胞芯片，组织芯片3，其它16SerialAnalysisofGeneExpression(SAGE)用于定

6、量地、平行地分析大量的转录本。若要知道一种组织，器官或细胞的基因表达谱，首先从组织细胞里分离出短转录本，归类、连接并克隆。测定数千个克隆的DNA序列就可以了解代表这种组织、器官或细胞的功能的基因表达谱。所以SAGE提供了一种广泛应用的工具，定量地分析比较各种正常组织细胞，各种发育状态和各种病理状态下的基因表达谱。http://www.sagenet.org/网站搜集了大量的SAGE供研究者检索。SerialAnalysisofGeneExpression(SAGE)17DescriptionofSAGESerialanaly

7、sisofgeneexpression(SAGE)isamethodforcomprehensiveanalysisofgeneexpressionpatterns.ThreeprinciplesunderlietheSAGEmethodology:1)Ashortsequencetag(10-14bp)containssufficientinformationtouniquelyidentifyatranscriptprovidedthatthatthetagisobtainedfromauniquepositionwit

8、hineachtranscript;2)Sequencetagscanbelinkedtogethertofromlongserialmoleculesthatcanbeclonedandsequenced;and3)Quantitationofthenumberoftimesaparti