基于ｗｅｂ的ｃｍｌ化学结构搜索方法初探

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1、基于Ｗｅｂ的ＣＭＬ化学结构搜索方法初探【摘要】化学标记语言CML已得到广泛应用，目前L表示的化学结构信息，google、百度等L特点的基础上，介绍了提取与验证L表示的化学结构信息的方法。利用Daylight公司的THOR-Merlin化学信息数据库系统，提出一种化学结构搜索引擎的设计方案。　　【关键词】化学标记语言化学结构检索化学结构数据库系统　　　　1引言　　　　化学标记语言CML(ChemicalMarkupLanguage)最初于1995年由PeterMurray-Rust等人基于HTML2.0开发，尝试解决在Inter上进行化学信息交换的问题。1998年2

2、月L：可扩展标记语言推荐标准1.0版。化学标记语言CML也根据XML的规范进行了更改和修订，成为根据XML的规范重新定义的一种标记语言，是XML的一个应用。　　CML目前的应用已相当广泛，如MaterialsGrid、SPECTRA等项目都采用了CML，L表示的化学结构信息。由于化学学科的专业性和内容的相对独立性，目前化学信息的检索都是基于特定的数据库，如SciFinder、Chembank、ZINC、Pubchem、ChemDB、ChemMine等化学数据库。本文提出一种设计方案，将CML转换为SMILES，利用DayLight公司的THOR-MerLin系统，

3、建立针对L表示的化学结构的a对CML内容进行验证(CML1.x采用DTD)。第三步采用基于XSLT的验证方法，对CML的内容进行分析。比如可以通过XSLT来判断CML中的原子化合价是否合法，化合物中两个原子之间的距离是法合法等。2.3CML至SMILES的转换与SMILES的存储　　SMILES是一种线性的用ASCII码来表示原子和化学键的化学语言。和其它化学结构表示方法相比，SMILES简短易读。同一种化学结构用SMILES来表示要比用连接表(ConnectionTable)节省50%至%70的存储空间。典范SMILES能够保证每个化学结构的SMILES具有唯一

4、性，因而常被作为化学数据库中的索引关键字。　　CML到SMILES的转换，本设计采用开源软件OpenBabel提供的API函数。OBConversion为转换类，转换伪码如下：　　OBConversionconv(cin，cout);　　if(conv.SetInAndOutFormats(“SMI”，“MOL”))　　{OBMolmol;if(conv.Read(mol))...manipulatemoleculeconv->L转换后的SMILES及CML所在的文档URL、当前访问时间等存入THOR数据库，并以SMILES作为记录的主关键字。本系统根据Da

5、ylight提供的THOR-MerlinToolkit来编写Client。Client通过server来对THOR数据库进行操作。　　2.4用户界面设计初探　　用户可以直接输入要检索的化学结构的SMILES码，或者根据提供的JME(JME是由PeterErtl开发的javaapplet，用于在网页上直接描绘化学结构)画出要检索的2D化学结构图，并指定结构检索的类型，JME会自动把用户画出的化学结构转化为SMILES码进行检索。　　　　3总结　　　　本文提出了一种化学结构搜索引擎的设计方案，针对L表示的化学结构进行检索。但是由于CML出现的时间相对比较晚，urray

6、-Rust，HSRzepa.ChemicalMarkup，XMLandtheurray-Rust，HSRzepa.ChemicalMarkup，XMLandtheLSchema.J.Chem.Inf.put.Sci，2003，43(3)：757-772.　　〔3〕GkoutosGV，RzepaHSandP.Murray-Rust.OnlinevalidationandparisonofmolfileandCMLmolecularatom-connectiondescriptors.InterJChem，2003，(1).　　〔4〕J.Klekota，F.P.Rot

7、h，andS.L.Schreiber.QueryChem：aGoogle-poicalstructures.Bioinformatics，2006，22(13).