基于ｗｅｂ的ｃｍｌ化学结构搜索方法初探论文

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1、基于Ｗｅｂ的ＣＭＬ化学结构搜索方法初探论文.freelicalMarkupLanguage)最初于1995年由PeterMurray-Rust等人基于HTML2.0开发，尝试解决在Inter上进行化学信息交换的问题。1998年2月L：可扩展标记语言推荐标准1.0版。化学标记语言CML也根据XML的规范进行了更改和修订，成为根据XML的规范重新定义的一种标记语言.freelbank、ZINC、Pubchem、ChemDB、ChemMine等化学数据库。本文提出一种设计方案，将CML转换为SMILES，利用DayLight公司的THOR-

2、MerLin系统，建立针对L表示的化学结构的a对CML内容进行验证(CML1.x采用DTD)。第三步采用基于XSLT的验证方法，对CML的内容进行分析。比如可以通过XSLT来判断CML中的原子化合价是否合法，化合物中两个原子之间的距离是法合法等。2.3CML至SMILES的转换与SMILES的存储SMILES是一种线性的用ASCII码来表示原子和化学键的化学语言。和其它化学结构表示方法相比，SMILES简短易读。同一种化学结构用SMILES来表示要比用连接表(ConnectionTable)节省50%至%70的存储空间。典范SMILE

3、S能够保证每个化学结构的SMILES具有唯一性，因而常被作为化学数据库中的索引关键字。CML到SMILES的转换，本设计采用开源软件OpenBabel提供的API函数。OBConversion为转换类，转换伪码如下：OBConversionconv(cin，cout);if(conv.SetInAndOutFormats(“SMI”，“MOL”)){OBMolmol;if(conv.Read(mol))...manipulatemoleculeconv-L转换后的SMILES及CML所在的文档URL、当前访问时间等存入THOR数据库，

4、并以SMILES作为记录的主关键字。本系统根据Daylight提供的THOR-MerlinToolkit来编写Client。Client通过server来对THOR数据库进行操作。2.4用户界面设计初探用户可以直接输入要检索的化学结构的SMILES码，或者根据提供的JME(JME是由PeterErtl开发的javaapplet，用于在网页上直接描绘化学结构)画出要检索的2D化学结构图，并指定结构检索的类型，JME会自动把用户画出的化学结构转化为SMILES码进行检索。3总结本文提出了一种化学结构搜索引擎的设计方案，针对L表示的化学结构

5、进行检索。但是由于CML出现的时间相对比较晚，urray-Rust，HSRzepa.ChemicalMarkup，XMLandtheurray-Rust，HSRzepa.ChemicalMarkup，XMLandtheLSchema.J.Chem.Inf.put.Sci，2003，43(3)：757-772.［3］GkoutosGV，RzepaHSandP.Murray-Rust.OnlinevalidationandparisonofmolfileandCMLmolecularatom-connectiondescriptors.I

6、nterJChem，2003，(1).［4］J.Klekota，F.P.Roth，andS.L.Schreiber.QueryChem：aGoogle-poicalstructures.Bioinformatics，2006，22(13).