临床分子病理实验室二代基因测序检测专家共识.pdf

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1、中华病理学杂志２０１７年３月第４６卷第３期ＣｈｉｎＪＰａｔｈｏｌ，Ｍａｒｃｈ２０１７，Ｖｏｌ．４６，Ｎｏ．３·１４５··标准与规范·临床分子病理实验室二代基因测序检测专家共识《临床分子病理实验室二代基因测序检测专家共识》编写组近年二代基因测序（ｎｅｘｔ⁃ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ，以上学历，并经过ＮＧＳ技术的理论与技能培训合ＮＧＳ）技术快速发展，其应用已进展至临床检测，如格，同时具有临检中心《临床基因扩增实验室技术遗传疾病、实体肿瘤、血液肿瘤、感染性疾病、人类白人员培训合格证》。数据分析

2、人员应具有临床医细胞抗原分析及非侵袭性产前筛查等。国内外有关学、分子生物学或遗传学知识背景并经生物信息学学会已出台相关共识与指南以推动其在临床中的应培训。最终报告应由中级或硕士以上具有病理学背［１⁃４］用。中华医学会病理学分会和中国抗癌协会肿景、经培训合格的本单位执业医师或者授权签字人瘤病理专业委员会前期组织病理、临床、生物信息等（高级职称或医学博士学位）审核。专家进行了充分讨论，拟在ＮＧＳ的操作流程、数据２.ＮＧＳ检测实验室的区域设置要求：原则上处理、结果解读等方面作规范和建议，以规范ＮＧＳＮＧＳ实

3、验室应当有以下分区：样本前处理区、试剂在分子病理领域的应用。储存和准备区、样本制备区、文库制备区、杂交捕获临床分子病理实验室ＮＧＳ样本可采用甲醛固区／多重ＰＣＲ区域（第一扩增区）、文库扩增区（第定石蜡包埋（ｆｏｒｍａｌｉｎ⁃ｆｉｘｅｄｐａｒａｆｆｉｎ⁃ｅｍｂｅｄｄｅｄ，二扩增区）、文库检测与质控区、测序区、数据存贮ＦＦＰＥ）组织、新鲜组织、各种体液及其上清液、体液区。各工作区空气及人员流向需要严格按照《医疗离心细胞蜡块、血浆／血液标本等。本共识特色是基机构临床基因扩增检验实验室工作导则》配置。分于病理

4、评估的组织样本（ＦＦＰＥ组织、新鲜组织）而区可根据实际情况合并，但是在前处理和建库时，血形成的规范。测序分析范围基于目前临床需求，本液样本与组织样本分开。共识着重于目标区域测序（ｐａｎｅｌ）分析的实践。随３．ＮＧＳ检测试剂及项目要求：试剂和测序平台着技术的更新和应用的成熟，本共识将持续更新以应选择中国食品药品监督管理总局（ＣＦＤＡ）认可产满足临床需求。品。涉及实验室自配试剂，应该有严格的试剂制备一、实验室总体要求标准操作规程（ＳＯＰ），需经过临床实验室自建项目ＮＧＳ检测实验室的总体设计与要求应参考《分

5、（ＬＤＴ）验证合格才可使用。每个ＮＧＳ检测项目在子病理诊断实验室建设指南（试行）》、《医疗机构临验证时需要根据建库方法、测序平台和分析工具以床基因扩增检验实验室工作导则》、《个体化医学检及不同的突变类型，包括单碱基突变（ｓｉｎｇｌｅ测质量保证指南》、《肿瘤个体化治疗检测技术指ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｖａｒｉａｎｔ，ＳＮＶ）、小片段插入或者缺失南》、《个体化医学检测实验室管理办法》、《测序技（Ｉｎｄｅｌ）、基因拷贝数变异（ｃｏｐｙｎｕｍｂｅｒｖａｒｉａｔｉｏｎｓ，术的个体化医学检测应用技术指南（试行）》ＣＮ

6、Ｖ）、染色体结构变异（ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌｖａｒｉａｔｉｏｎ，ＳＶ）以［５⁃７］进行。及不同的样本类型（如ＦＦＰＥ组织、新鲜组织、全血、１．ＮＧＳ检测人员的资质要求：ＮＧＳ检测技术人胸水等）对特定ｐａｎｅｌ的准确性、精确性、敏感性、特员应具备临床病理学、分子生物学的相关专业大专异性等性能参数进行ＬＤＴ验证。应该有经过标准品测试的在不同的变异频率（ｍｕｔａｎｔａｌｌｅｌｅＤＯＩ：１０．３７６０／ｃｍａ．ｊ．ｉｓｓｎ．０５２９⁃５８０７．２０１７．０３．００１ｆｒｅｑｕｅｎｃｉｅｓ，ＭＡＦ）下，不同测序深

7、度的灵敏度及特基金项目：科技部卫生行业科研专项基金（２０１４０２００１）异度数据，确定不同样本的可信的测序深度。经验执笔人：叶丰（四川大学华西医院病理研究室）；吴焕文（中国医证后，ＳＯＰ发生的任何改动，包括试剂、仪器、基因项学科学院北京协和医学院北京协和医院病理科）目等都需要重新做验证。验证实验结果签名留底通信作者：梁智勇（中国医学科学院北京协和医学院北京协和医院病理科，Ｅ⁃ｍａｉｌ：ｌｉａｎｇｚｈｉｙｏｎｇ１２２０＠ｙａｈｏｏ．ｃｏｍ）；步宏（四川大学备案。华西医院病理研究室／病理科，Ｅ⁃ｍａｉｌ：

8、ｈｏｎｇｂｕ＠ｓｃｕ．ｅｄｕ．ｃｎ）４．ＮＧＳ检测实验室的质量管理要求：ＮＧＳ检测·１４６·中华病理学杂志２０１７年３月第４６卷第３期ＣｈｉｎＪＰａｔｈｏｌ，Ｍａｒｃｈ２０１７，Ｖｏｌ．４６，Ｎｏ．３主要包括实验操作和生物信息学分析两部分。实验文库和平台检测，都应对检测基因、区域或突变热点操作部分包括样本准备、文库制备、编码进行描述，并建立实验室检测ＳＯＰ。建立好文库后（ｂａｒｃｏｄｉｎｇ）、目标区域富集、测序等；生物信息学分上机测序前需对文库进行质量分