资源描述:
《materials studio 构建表面surfa》由会员上传分享,免费在线阅读,更多相关内容在应用文档-天天文库。
1、这里介绍的是构造一个根号3x2的pt(111)表面。用MSModeling制作slab模型结构图1,打开MSmodeling,建立一个项目,如test;2,右击test项目,在下拉菜单中选择import,在弹出的菜单中选择Structures/metals/pure-metals/Pt;3,在主菜单中的Build选择surfaces/Cleavesurface,4,在弹出的菜单中处理数据(i)在surfacebox界面下a)你所要做的表面,如[111]; 也就是将cleaveplane[hkl]修改成[111];b)修改深度,即将depth修
2、改成你所需要的原子层数,如4;(ii)在options界面下将Orientationstandard选项改成U矢量沿x轴方向,V在xy平面(iii)在surfaceMesh的界面下修改U,V矢量。如保持U不变,将V矢量修改成0.50.5-15,点击cleave,产生一个[111]的表面模型,6,在主菜单中的Build选择Crystals/BuildVaccumSlab7,在弹出的菜单中修改相应的参量,比如将真空厚度修改成14angstrom,点击build产生一个Slab模型;8,在主菜单中的Build选择Symmetry/supercell,
3、将单胞修改成你所需要的大小,如将A修改成2,点击Createsupercell这样产生了你所要的表面在该表面,你可以非常简单的看出hcp与fcc的差别,以及top,bridge位置。如果你需要产生vasp的poscar文件,那么你可以从ms模块导出这个文件为.car文件(它是卡迪尔坐标),简单进行处理下就变成vasp了。比如我这里有个。car坐标:要转换成vasp,下面贴出我的程序是:parameter(nsum=16,nsun=0,n=16)realx(n),y(n),z(n)reallx(3),ly(3),lz(3)reallatticec
4、haracterpcharacter*18selectivecharacter*6directlx=0.0ly=0.0lz=0.0lattice=4.64lx(1)= 11.8800/latticely(2)=6.5761/latticelz(3)=15.8554/lattice open(1,file="Au(111)(4).car")doi=1,5read(1,*)enddodoi=1,nread(1,*)p,x(i),y(i),z(i)enddodoi=1,2read(1,*)enddoclose(1)open(2,file="P
5、OSCAR")write(2,*)"rutile.TiO2(110)"write(2,15)lattice15format(f15.8)write(2,16)lxwrite(2,16)lywrite(2,16)lz16format(3f15.8)write(2,17)nsum,nsun17format(2I5)Selective="Selectivedynamics"direct="direct"write(2,171)Selectivewrite(2,172)"direct"171format(A18)172format(A6)doi=1,n
6、write(2,18)x(i)/lx(1)/lattice,y(i)/ly(2)/lattice,z(i)/lz(3)/lattice18format(3f15.8," T T T")enddoclose(2)end那么产生的poscar文件:第二种构建poscar进阶方法,可构建高指数面,纳米线管等复杂结构在ms模块中搭建好所需要的的结构,然后点一个模块比如castep下拉菜单中的“calcualtion”,出现一个菜单,在该菜单最下方出现三个选项,run,files,help,我们选择点击“files”,然后点击“savefiles”
7、。这个时候你建立的结构就会默认保存在项目下。你到项目下打开你保存的文件。会看到一个*.cell文件,如果看不到,你就到工具栏下设置下显示隐藏的文件,*.cell是隐藏的文件。打开这个cell文件,你会看到前面是坐标文件,比如:cell文件第2行到第5行的数字显示的是晶格矢量,对应就是poscar前面的第3行到第6行的基矢量,不过这个时候poscar的第二行的晶格常熟要设置为1,因为cell文件的晶格矢量包含了晶格常数进去了。cell文件第7行空格,第8行显示说是坐标了,而且是分数坐标,呵呵,很清楚了,在poscar的基矢量接着写下“direct
8、”,表示是分数坐标,然后把cell文件第9行到第10行(这里是针对我给出的简单例子只有2个原子,多原子的类推就可以了)copy到poscar下就可以了