小木虫软件的使用

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1、首先将所要进行分析的数据整理成fasta格式的，整理成一个TXT文档的，然后进行clustalx比对，会生成两个文件和这两种格式的，然后打开MEGA4.0，File----converttoMEGAformat----选择之前clustal生成的这个文件，按照提示点击OK，将转换好的文件格式再次保存，file---save–选择一个保存地点，会在你选定的保存地点生成一个，然后关闭生成的文件，再次file---opendata---选择之前存的该文件，打开后，按照默认提示选择proornucleotide，

2、然后再次MEGA主窗口中的phylogeny---bootstraptestofphylogeny---NJ—按照默认提示选择compute，系统树就建好了，如果想对数的外部结构等等进行一系列改造，可以选择不同形状的树谱结构，然后view下面的一系列参数也是可以改变树谱本身的一些特点的，比如字体大小颜色等等系统发育树的构建及其后期编辑又到了研究生写毕业论文的时候了，这几天两个师妹相继让我教他们构建系统发育树。索性就做一个图文的帖子，方便大家。纯技术贴，不涉及建树序列的选择、系统发育树如何看等理论性问题。要

3、问的话，送一句话，自己多找几篇文章看看人家怎么分析系统发育树的。1)FASTA格式序列文本FASTA是最为常用的序列格式，几乎所有序列分析软件都能识别这种格式的序列。构树之前先将所选的序列都粘贴在一个txt文本文件中，然后每条序列以>开头，后面可以接序列描述性语言，比如属名，种名等。然后换行粘贴序列，序列的最后用空格结束，这就是一个FASTA格式的序列了。需要注意的一点是每条序列的名字的前10个字符不要完全相同。为了方便起见，最好将此文件放在桌面上。编辑后的序列见下图：2)ClustalX进行多序列比对下

4、载此软件，解压之后直接用。解压图如下：点击第一行最后一个图标，然后点击file，loadsequence，选择正确路径。加载进来的序列如下图：点击比对，进行完全比对。这时会弹出一个对话框，如下：这时将路径改为桌面，点击对齐进行全序列比对，序列较多的话可能需要点时间。比对后的结果如下图(注意区别)：然后注意桌面上多了两个文件，一个是dnd格式的，一个是aln格式的。Aln格式的文件将用来进行后续工作。关掉clustalX窗口即可。3)aln格式转化为MEG格式打开MEGA4.0，点击file，convert

5、toMEGAformat，出现如下对话框：选择路径，将aln格式文档加载进来，点击OK，出现下图：点击保存，会发现在桌面上又多了一个文档，看其属性会发现是MEG格式的，OK。4)MEG文档的激活关掉这些窗口，回到MEGA刚打开时的样子，将刚生成的那个MEG文档用拖拽的方式拖进MEGA4.0，这时会出现如下对话框：废话一句：核酸序列比对选核酸序列，氨基酸序列比对选氨基酸序列。点击OK，出现如下：关掉这个界面，此时该MEG文档已被激活，处于待用状态，如下(可以和MEGA初始界面做下对比)：5)开始建树(NJt

6、ree)原理不讲了，此处以构建NJ树为例。点击工具栏上的phylogeny，constructphylogeny，neighborjoining(NJ).出现如下界面(注意几个绿颜色的小方块)：点击第一个小绿方块，选择，小绿方块会变成四个点的省略号，再点击出现如下页面：选择Bootstrap，后面的replication改为1000，点击对勾。然后点击第三个小绿方块，这个时候对于蛋白质序列以及DNA序列，两者模型的选择是不同的。对于蛋白质的序列，多选择PoissonCorrection(泊松修正)这一模型

7、。而对于核酸序列，多选择Kimura2-parameter(Kimura-2参数)模型。所有设置完毕之后，点击compute，雏形的树就出来了：可以对此树做出一些修改，比如线条粗细，树的形状等等，此处自己多试试。6)树的修饰建好树之后，往往需要对树做一些美化。这个工作完全可以在word中完成，达到发表文章的要求。点击image，copytoclipboard。新建一个word文档，选择粘贴。见下图：在图上点击右键，就可以对文字的字体大小，倾斜等做出修饰。见下图：这个时候可以通过Adobeprofessio

8、nal对其进行图像导出：先将此word文档打印成PDF，见下图：将打印出来的PDF保存在桌面上，打开，如下图：此时，点击工具，高级编辑工具，裁剪工具，如下图所示：选择需要的区域以删除周围的空白区，双击发育树，会出现下图：点击确定，出现下图(把空边切掉了)：点击文件，另存为，在保存类型一栏中选择TIFF格式，点击确定后会生成下面这个图片，所生成图片绝对可以满足文章的发表：OK，结束了，自己玩一把吧。clustalx怎么导出图片格