李凤辉论文第六次修改(定稿)

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1、本科毕业论文题目三种混养模式下鱼类肠道菌群的PCR-DGGE的比较研究姓名李凤辉学号2007308202544专业水族科学与技术指导教师熊邦喜职称教授中国·武汉二○一一年六月分类号密级华中农业大学本科毕业论文三种混养模式下鱼类肠道菌群PCR-DGGE的比较研究TheComparativeStudyonFishIntestinalMicrobiotafromThreePolyculturePatternsbyPCR-DGGE学生姓名：李凤辉学生学号：2007308202544学生专业：水族科学与技术指导教师：熊邦喜华中农业大学水产学院二○一一年六月目

2、录摘要II关键词IIAbstractIIIKeyWordsIV前言11材料与方法41.1实验材料41.1.1养殖模式与样品采集31.1.2实验主要仪器及试剂41.2试验方法51.2.1鱼类肠道样品与水样的制备51.2.2肠道及水样微生物的提取61.2.3PCR-DGGE分析51.2.4DGGE图谱中部分优势条带的序列分析和系统发育分析71.2.5数据分析62结果与分析62.1DGGE指纹图谱与肠道菌群群落差异82.2序列和系统发生分析123讨论123.1鱼类肠道菌群的作用123.2养殖模式与食性对鱼类肠道菌群差异性分析133.3鱼类肠道菌群结构分析

3、13参考文献14致谢16三种混养模式下鱼类肠道菌群PCR-DGGE的比较研究摘要本文对三种混养模式下不同鱼类的肠道菌群的差异进行了比较研究。实验采用PCR扩增的变性梯度凝胶电泳（PCR-DGGE）技术。通过实验，建立了三种养殖模式下鱼类肠道细菌的DGGE图谱，观察各种鱼类在不同的养殖模式下肠道细菌的多样性差异。通过四个月的养殖和数据分析，PCR-DGGE指纹结构及针对部分特定的PCR-DGGE谱带序列分析显示，不同模式下草鱼的肠道菌群相似性较高（>42.2%），投喂配合饲料的草鱼与摄食浮游生物的鲢、鳙、匙吻鲟肠道菌群结构相差最大（<19%），鲢鳙肠

4、道菌群相似性较高（>41.6%），说明食性对鱼类肠道菌群的影响超过了养殖模式对鱼类肠道菌群的影响。同为滤食性鱼类，除二号养殖模式下的鳙的肠道和匙吻鲟的消化道菌群具有较高的相似性（>50.3%）外，匙吻鲟的消化道菌群和鲢鳙的相似性低，说明鱼的消化道结构可能对肠道菌群也起一定的影响作用。细菌16SrDNAV3区特征片段经DGGE分离条带切割，共得到15条条带，克隆测序后进行系统进化分析，结果显示这15条条带分别归属于4个细菌类群：变形细菌门（Proteobacteria），拟杆菌门（bacteroidetes），厚壁菌门（Firmicutes）和梭杆菌

5、门（Fusobacteria），与以往报道的肠道菌群结构相一致。不同的养殖模式会使鱼类肠道微生物多样性产生差异。相同养殖模式下，食性对肠道微生物的影响较大，说明鱼类肠道菌群对食性具有高度的依赖性，食性的改变可能造成鱼类肠道菌群的紊乱甚至会导致鱼类对疾病的抵抗能力下降。这为鱼类的饲料研发和鱼病防治提供了基础参考资料。关键词混养模式；鱼类；肠道菌群；PCR-DGGE；16SrDNATheComparativeStudyonFishIntestinalMicrobiotafromThreePolyculturePatternsbyPCR-DGGEAbst

6、ractThisarticlemadeacomparativestudyonthedifferencesoffishintestinalbacteriafromthreepolyculturepatterns.TheexperimentwasmadebyPCR-DGGE.Throughtheexperiment,theDGGEprofilesofthefishintestinalbacteriafromthreepolyculturepatternswasmade,observingthedifferencesofthediversityoffis

7、hintestinalbacteria.Afterfourmonths’cultivationanddataanalysis,theanalysisofPCR-DGGEfingerprintingstructureandsomespecificsequenceofPCR-DGGEbandsshowedthattherewerehighersimilaritiesofGrasscarpintestinalbacteriafromdifferentpatterns(>42.2%),besides,theintestinalbacteriastructu

8、reoftheGrassCarpfedoncompoundfeedandtheSilvercarp,Bigheadcarp