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1、应用生物信息学筛选糖尿病肾病标志物杨丹1曾建涛2郑兆斌3(1.重庆市长寿区中医院肾病科重庆长寿401220)(2.重庆市讼寿区人民医院检验科重庆L<:寿401220)(3.重庆市长寿IX人民医院心内科重庆长寿401220)【摘要】目的：从分子网络水平筛选糖尿病肾病诊断的标志物。方法：在GEO数据库下载糖尿病肾病的基因表达数据，应用Array-Tools软件分析差异表达基因，STRING工具用于构建差异蛋白的相互作用网络。结合组织特异表达数据库TiGER,筛选肾脏组织相关的HUB蛋白作为糖尿病肾病生物标志物。结果
2、：肾小球组织有906个差异表达基因，其中上调基因689个，下调基因217个；肾小管组织有828个差异表达基因，其中上调基因266个，下调基因562个。通过网络构建及组织特异性筛选，在肾脏组织差异表达的HUB蛋白为GZMA、SPP1,TGFBI,FGL2,KNG1,VCAM1和EGF。结论:通过生物信息学研究，筛选出7种蛋白质可能成为糖尿病肾病诊断的标志物。【关键词】糖尿病肾病；生物信息学；生物标志物【中图分类号】R587.2【文献标识码】A【文章编号】1003-5028(2015)8-0679-02Screen
3、ingthebiomarkersofdiabeticnephropathybybioinformaticsmethodsYangDanl,ZengJiantao2,ZhengZhaobin3(1.DepartmentofNephrology,ThetraditionalChinesemedicalhospitalofChangshou,Chongqing,401220)(2.DepartmentofClinicalLaboratory,ThePeople’sHospitalofChangshou,C
4、hongqing,401220)(3.Departmentofcardiology,ThePeople’sHospitalofChangshou,Chongqing,401220)【Abstract】Objective:ToscreenbiomarkersofdiabeticnephropathyinBiomolecularNetworklevel.Methods:GeneexpressiondataofkidneyweregotfromGeneExpressionOmnibusdatabase.A
5、rray-Toolssoftwarewasusedtoanalyzedifferentialexpressiongene.ThenTheprotein-proteininteraction(PPI)networksofdifferentialexpressiongenewereconstructedbySTRING.ConsideringthedatabaseofTiGER,theHUBproteinswhichexpressspecificityinkidneywerefiltedasbiomarkersof
6、diabeticnephropathy.Results:906differentiallyexpressedgeneswereindentifiedinglomerulus,including689up-regulatedand217down-regulatedgenes.828differentiallyexpressedgeneswereindentifiedinrenaltubule,including266up-regulatedand562down-regulatedgenes.SeveralHUBp
7、roteins(GZMA、SPP1,TGFBI,FGL2,KNG1、VCAM1和EGF)werediscoveredbyPPInetworksconstructingandtissue-specificfilting.Conclusion:Ourstudyacquired7proteinsbybioinformatics,theseproteinsmaybeunderlyingdiagnosisbiomarkersofdiabeticnephropathy.【Keywords】diabeticnephropat
8、hy；bioinformatics；biomarkers糖尿病肾病是终末期肾脏病的最常见原因，也是糖尿病的主要并发症之一。早期诊断糖尿病肾病对该疾病的预后有重要意义。0前尿微量白蛋白被认为是诊断糖尿病肾病的早期标志物，但其灵敏度不够。因此通过筛选差异表达的基因，挖掘糖尿病肾病标志物，对于糖尿病肾病的诊断和治疗有重要意义。基因芯片由于其高通量的特点，广泛应用于基因表达的分析。本文应用生物
