ds3.0上机操作教程

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1、DiscoveryStudioDiscoveryStudio上机操作Tutorials（DiscoveryStudio版本：3.0）DiscoveryStudio基本操作48DiscoveryStudioDiscoveryStudio基本操作目的：通过此教程，了解并掌握DiscoveryStudio中一些基本操作。所需功能和模块：DiscoveryStudioVisualizerclient所需数据文件：pk-10.sd和1aq1.pdb。所需时间：30分钟介绍在使用软件进行课题研究前，我们首先应该了解并掌握该软件使用的

2、一些基本操作。为后续的体系处理做好准备工作。这个教程包括：l小分子配体准备l蛋白文件的处理小分子配体准备在DiscoveryStudio（DS）中，可以直接构建分子结构，也可以将在其它画图软件中画好的结构直接拷贝到DS中，本教程演示如何在DS中构建。1.调用Sketching功能从View菜单下，打开Toolbars，选择Sketching，Toolbars中将显示各种Sketching的工具，这些工具可以用来构建化合物的初始结构。2.利用Sketching构建化合物的3D空间构象打开一个分子显示窗口（MoleculeW

3、indow），File>new>MoleculeWindow注：DS中有四种窗口模式，包括Moleculewindow（显示分子结构），ProteinSequenceWindow（显示蛋白序列），NucleotideSequenceWindow（显示核酸序列），ScriptWindow（显示程序语言），因此我们需要根据载入的文件类型选择窗口。DS中构建化合物的3D空间构象非常容易，也非常灵活。本教程以以下化合物为示例，以图示的方法演示如何构建化合物的结构。HNOHONSClNOH选择，在窗口中画出结构1，点击将其选中，C

4、hemistry>Bond>Aromatic得到结构2，选择，构建各连接单键，可得到结构3，再次点击相应的键就可以构建双键结构4，更换元素类型，选中某个碳原子，Chemistry>Element更换相应元素即可，最后得结构5。48DiscoveryStudio12345图1分子结构构建过程选择Structrue>CleanGeometry可进一步优化此化合物的几何三维结构。3.使用protocol处理多个配体结构如果配体数目较多，还要考虑对映异构体等因素时，可用流程浏览器中的PrepareLigand处理该体系，通过此操

5、作不仅可以产生三维结构，加氢，还可以产生异构体，并可以选择用Linpiski’srulesoffive作为筛选条件。从File中选择并打开pk-10.sd文件，默认为以表格浏览器（DataTableView）形式打开，快捷键Ctrl+G可打开图形窗口，Ctrl+H可打开树状窗口。将相应分子的表格属性中visible前选中，即可观看分子结构(图2)图2pk-10.sd的输入分子结构点击Tools

6、SmallMolecules，展开菜单中的PrepareorFilterLigands一栏，在其下拉列表的Prepare中点击“

7、PrepareLigands”，流程对应参数打开（图3）。48DiscoveryStudio图3“PrepareLigands”流程参数设置点击Run运行作业，等待作业完成。从菜单中选择Window

8、CloseAll，关闭所有窗口。双击作业浏览器（JobsExplorer）窗口中相应的行，打开Report页面。图4输出的结果文件输入的10个结构，经过处理后产生31个配体分子，打开OutputFiles中的pk-10.sd，观察结果。蛋白文件的处理1.蛋白结构的载入介绍三种蛋白结构的载入方法1.1可通过DS直接从PDB库中

9、下载蛋白结构File>OpenURL可出现图5对话框，直接输入蛋白ID号如果机器联网，即可直接下载到视窗中。48DiscoveryStudio图5“OpenURL1.2可通过流程浏览器中的RCSBStructrueSearch模糊查询所有符合条件的蛋白点击Tools

10、Macromolecules，展开的菜单栏中点击QueryOnlineDatabases，点击其下拉菜单中SearchDatabases中的“RCSBStructrueSearch”按钮，流程对应参数打开（图6）。图6“RCSBStructrueSearch

11、”流程参数设置可通过ID号，配体结构信息，实验方法，作者名称等信息查询，可按需要进行检索。1.3从File中直接打开本地文件2.蛋白文件处理本例采用第三种载入蛋白的方式，从File中找到并打开1aq1.pdb。Ctrl+H打开系统视图，Ctrl+T打开表格浏览器，从左边的树状窗口中选择水分子（图7），删除，同样点击T