利用ncbi相关资源电子定位基因的方法和实践

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1、利用NCBI相关资源电子定位基因的方法和实践第23卷第6期2003年11月孝感学院JOURNAIOFXIAOGANUN1VERSITYVOL.23NO.6NOV.2003利用NCBI相关资源电子定位基因的方法和实践李建华，陈锦华(孝感学院生命科学技术学院，湖北孝感432000)摘要:介绍了在NCBI上与电子定位基因有关的主要生物信息学资源，以人胰核糖核酸酶基因为例，探讨了运用生物信息学在NCBI中电子定位基因的几种方法.关键词:NCBI;棊因;电子定位中图分类号:Q78文献标识码:A文章编号:1671--2544(2003)06—00

2、57—o3被称为基因组解剖学的基因定位，是遗传学研宄中的重要环节[1].基因位罝的确定有助于了解基因的功能.在转基因技术的研宄中，基因定位是确定供体基因在受体染色体整合位置的必要手段.近年来，随着生物信息资源的日益丰富和生物信息学的快速发展，使一种新的定位基因的方式一一电子定位基因成为可能.1NCBI上的生物学资源棊因定位(genelocation)是指用一定的:疗法将目的基因确定到染色体的实际位置上.基因的电子定位是指利用H益丰富的生物信息学资源，运用生物信息学的方法，将目的基因确定到染色体的实际位置上］.1.1NCBI简介［3NC

3、BI(http://www.ncbi.nlh.nih.gov)是美家生物技术信息中心(Nationalcenterofbio—technologyinformation)，创建于1988年，其宗n是开发和研究各种服务于生物医学领域的自动信息存取系统1.NCBI管理着包括GeneBank，OMIM，MMDB，RefSeq，UniGene，dbSNP等多种大型生物学数据库，并且提供了多种数据库查询工具，以及多种数据库分析资源.是国际互联网上最大的生物学数据库之一.NCBI与设在美国国立卫生研宄院(N1H)内的国家医学图书馆联合，提供近40

4、00种有关生物医学方面的文献检索服务(其中有相当部分提供全文下载服务).此外，NCBI还提供大量免费软件如Blast，ORF等的卜载服务.1.2NCBI上常用的生物学资源NCBI由七个部分组成［引:1)数据库检索工只(Entrez,TheTaxonomyBrowser,LocusIink,TheQUERYEmailserver);2)序列相似性搜索程序BIAST家族;3)基因水平序列资源(Uni—Oene,Refseqdatabase,dbSNP,ORFFinder,E—lectronicPCR);4)染色体序列资源;5)基因组分析资

5、源(EntrezGenomes，COGs，反转录病毒基因型分析工具;6)基因表达及表型分析资源;7)分子模拟数据库.其屮可用于电子定位基因的生物学资源主要有以下几种.1.2.1GenBank数据库GenBank数据库由17个子库组成，存有超过105000个不同的生物体的核苻酸序列，每条Genbank数据记录包含了对序列的简要描述，它的科学命名，物种分类名称，参考文献，序列特征表，以及序列木身的碱基组成.此外，NCBI还提供广泛的数据查询，序列相似性搜索以及其它分析服务.1.2.2EST数据库对cDNA文库克隆的随机收稿日期:2003—

6、06—11作者简介:李建华(1969—)，男，湖北孝感人，孝感学院生科院讲师.57—李建华，陈锦华测序所得到的两端各200—400bp左右的序列被称为表达序列标记(EST).在GeneBank等的EST数据库(dbEST)中有存有包括人，鼠，•十•，猪，狗，线虫，水稻，果蝇等的大量的EST序列.l_2.3UniGene数据库UniGene序列是指被整理成簇的EST和全长mRNA序列，每一个代表一种特定已知的或假设的基因，有定位图和表达信息以及同其它资源的交叉参考.UNiGene数据库是将GenBank屮的序列白动分隔成无冗余基因簇的实

7、验性系统.UniGene数据库是一种含有标记和序列标签位点(STS)序列信息的NBCI资源.由于绝大部分STS序列是由EST序列转化而成，可用EST序列，通过电子PCR技术，在STS数据库(dbSTS)中定位基因，寻找新基因以及获得全基因序列等.1_2.4电子PCR（E-PCR）电子PCR是用两段引物序列与STS数据库比较，以寻找一段核昔酸序列中有无STS序列，它可以帮助我们确认基因及基因作图.将一个查询序列同己经定位的STSs比较，来发现查询序列的可能的图谱定位.E_PCR通过査找在R的DNA序列中与定位标记的PCR引物非常吻合的子

8、序列来找到STSs.这个子序列一定要有正确的顺序，方向，和间隔，以至他们可以合理的启动一个扩增出正确分子量的PCR产物.最新版本的E-PCR可搜索除了NC—BldbSTS数据库以外的其他资源.L2.5BIAST家族BIA