snp技术及发展和应用课件.

《snp技术及发展和应用课件.》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在教育资源-天天文库。

1、SNP技术及发展和应用SNP的概念单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism，SNP),主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种。占所有已知多态性的90%以上。SNP在人类基因组中广泛存在，平均每500～1000个碱基对中就有1个，估计其总数可达300万个甚至更多。SNPs几种检测方法一、区分SNPs位点的方法1.基于杂交的方法2.基于酶的方法3.以构象为基础的方法4.直接测序的方法二、检测分析技术1.凝胶分析技术2.荧光检测技术3.

2、DNA芯片4.质谱检测技术SNP检测方法1.理想的检测SNP的方法——发现未知的SNP，或检测已知的SNP(1)灵敏度和准确度的要求（反应原理严紧）(2)快速、简便、高通量(操作和分析的自动化程度高）(3)费用相对低廉1.基于杂交的方法原理:短的核苷酸探针在和互补的目的片段进行杂交时，完全匹配和有错配两种情况下，根据杂交复合体稳定性的不同而将SNP位点检测出来。（差异越大，检测的特异性就越好）2.基于酶的方法1）DNA聚合酶2）连接酶3）限制性内切酶4）外切酶FEN5）RNaseH1）DNA聚合酶等位基因特异性PCR多重等

3、位基因特异性PCRTaqman法引物延伸法焦磷酸测序法等位基因特异性PCRTaqman法焦磷酸测序法(Pyrosequencinq)DNA聚合酶、ATP硫酸化酶(ATPsulfurylase)、荧光素酶(luciferase)和三磷酸腺苷双磷酸酶(apyrase)。原理：DNA聚合酶在一种dNTP的存在下进行引物延伸反应,而引物的成功延伸将伴随焦磷酸的释放,焦磷酸在荧光素酶的存在下能引发一种化学发光反应,通过发光计的实时监测来达到检测的目的。基本步骤1.测序引物和DNA模板杂交（PCR扩增的、单链的），与酶和底物孵育。2.

4、四种dNTP（dATPS，dTTP，dCTP，dGTP）之一被加入反应体系，如与模板配对，与引物的末端形成共价键，dNTP的焦磷酸基团（PPi）释放出来。3.一系列的酶学反应，发出可见光信号。每个光信号的峰高与反应中掺入的核苷酸数目成正比。4.ATP和未掺入的dNTP由三磷酸腺苷双磷酸酶降解，淬灭光信号，并再生反应体系。5.然后加入下一种dNTP。基于HRM技术的SNP、突变和甲基化检测高通量、低成本SNP、突变或甲基化检测方法高分辨溶解曲线分析技术：基于高效稳健的PCR技术，HRM不受突变碱基位点与类型局限，无需序列特异

5、性探针，在PCR结束后直接运行高分辨熔解，即可完成对样品突变、单核苷酸多态性-SNP、甲基化、HLA配型等的分析。HRM的主要原理是根据DNA序列的长度，GC含量以及碱基互补性差异，应用高分辨率的熔解曲线对样品进行分析，极高的温度均一性和温度分辨率使分辨精度达到对单个碱基差异的区分序列比对---引物设计---DNA提取---荧光染料（EvaGreen或LCgreen）PCR---结果分析。DNA芯片DNA芯片(DNAchip)技术是近年来新开发的一种DNA序列变异检测工具。其主要原理是在一块小硅片上进行微阵列分析，让目标D

6、NA与密集的多重寡核苷酸阵列进行杂交，进而检出SNP的有效方法。Affymetrix生产出人类SPlP图谱分析芯片，商品名为GeneChipeHuSNP⑧ProbeArray。HuSNP芯片上集成了人类基因组22条人类常染色体及x染色体上近1500个单核苷酸多态性探针。使用时，用配套试剂盒中的引物进行多重PCR制备荧光标记的靶序列，一次杂交，即可得到样品的近1500个SNP信息。这种方法的分析速度比最好的自动化96道毛细管电泳快3倍以上，结果重复性好，难确率达98％，与用传统方法进行同样工作相比，可以大量节约所需的试剂、样

7、品，大大提高劳动效率。芯片上的SNP位点由Whitehead研究所MIT基因组研究中心提供配套分析软件。Affymetrlx还为初始用户提供技术培训与支持。SNP在畜牧中的应用分析病毒、细菌基因的多态性，有助于人们了解病毒、细菌的感染发病机制与耐药性机制。对于耐药基因的检测可从两个方面实现：一是通过基因表达诺芯片检测药物诱导基因表达的改变来分析其耐药性；二是寡核苷酸芯片检测基因组序列的SNP位点来分析耐药性。目前已经生产出乙肝耐药、结核杆菌耐药以及艾滋病耐药的SNP检测基因芯片，用于指导临床对病人实施个体化治疗。SNP在牛

8、QTL定位上的应用出生体重、断奶前日增重和饲养期日增重是对肉牛生产有重要影响的生长性状，这些基因QTL定位将提高育种进程，在育种过程中应给予考虑。U等(2002a，b)将出生重、断奶前日增重及饲养期日增重的QTL已经精确定位于牛5号染色体上。Li等(2004)研究表明，my／5基因的SNP与生长性状之间