SNP分析原理方法及其应用.pdf

《SNP分析原理方法及其应用.pdf》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在教育资源-天天文库。

1、SNP分析原理方法及其应用卢大儒复旦大学生命科学学院遗传工程国家重点实验室遗传分析内容容n基因组: 染色体水平DNA水平基因突变重复重复, 缺失, 倒位,重排甲基化基因组不稳定基因组不稳定多态性: SNP STR, CNVSNPs（single nucleotide polymorphisms)n概念：指在基因组水平由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中中最常见的一种，占所有已知多态性的90 90%以上。nSNP在人类基因组中广泛存在在，平均每5001000个碱基对中即有1个，人类3

2、0亿碱基中大约有有1000万个SNPs。n人类一般为二等位基因（Biallelic Biallelic）。二等位基因有四种不同类型，包括一种转换换C>T （G>A）和三种颠换C>A（G>T）、C>G（G>C）、T>A（A>T）。... .C C C CA ATTG A C... … …G G G GT TAAC TG...... .C C C CA ATTG AC...wt/w… …G G G T TAA C TG...t... .C C C CA ATTG A C... … …G G G GT TAAC TG

3、...wt/m ... .C C C CG GTTG AC...… …G G G GC CAA C TG...... .C C C G TTG AC...… …G G G C CAA C TG...m/m... .C C C CG GTTG AC...… …G G G GC CAA C TG...DNA序列上单个碱基对的置换、插入或缺失而引起可以遗传的基因结构的变化化突变（Gene Mutation) 单核苷酸多态（SNP）nn<0.1% n150% n生殖细胞或体细胞n生殖细胞SNPs的研究意义1. SNPs

4、作为第三代遗传标记记（已知性、可遗传性、可检测性可检测性）,用于疾病基因的定位、克隆和鉴定。。___路标的作用传统研究策略（表征表征、蛋白、基因）逆向遗传学（表型表型、基因、蛋白）基因定位：从400个个STR到500KSNP芯片连锁分析基因诊断连锁分析基因诊断2.基因多态性与性状表型研究研究SNPs本身对机体的影响生理特征、病理外界环境条件下的千差万别个体识别，疾病易感感;能力;性格;喜好药物治疗;环境适应生物进化，民族区分SNP的特征n1单核苷酸变异; n2常见2等位基因变化等位基因变化; n3很稳定, 回复

5、突变极低回复突变极低; n4普遍存在, 分布广泛分布广泛, 均匀n5存在SNP高变区域和热点n6功能相关, 温和变温和变; 联合作用n7SNP连锁单倍型, 标签SNP2002年人类基因组计划(HGP草图绘制已经成功，功能基因组研究将为疾病的预防，诊断和治疗奠定基础。从HGP到HapMap nHapMap计划通过对亚、、非、欧裔共269个个体全基因组中基因组序列上常见的多态位点位点（SNP）进行筛查和分析，构建出整合了人类遗传多态信息的“单体型图”，将为疾病易感性感性、药物敏感性和人类进化研究提供最基本的信息与分

6、析工具。HGP让我们有了认识人类的参考图考图.nHapMap 是我们区别彼此差异的参考图;SNP数量剧增,1503006001000万;SNPCNV 如何筛查和检索SNP? SNP的筛查: 人群的基因组测序2450100人SNP检索与选择: 数据库检索; 根据目标选择拥有自己的基因组图谱图谱n随着高通量SNP检测技术和检测技术和DNA测序技术的发展，拥有个人基因组图谱不是梦！1 全基因组测序全基因组30亿1万1000 USDUSD 2ＳＮＰ芯片Affymetrix; Illumina1000 USD 如何解读是

7、今后长时期问题SNPsrelated databases1. http://egp.gs.washington.edu/(NIEHS SNPs Program)2. http://snp500cancer.nci.nih.gov/home_1.cfm?CFID=264728&CFTOKEN=86045010 (SNP500Cancer)3. http://www.hapmap.org/（HapMap project)4. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP(National Cent

8、erfor Biotechnology Information)5. http://snp.ims.utokyo.ac.jp/index.html(SNPs databasefromJapan)6. http://www.ornl.gov/sci/techresources/Human_Genome/faq/snps s.shtml…… 基因组多态性数据库库(SNPs)s)人类单倍型图