linux简介与vasp_初步

《linux简介与vasp_初步》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在教育资源-天天文库。

1、Linux简介与vasp初步王锐重庆大学物理学院物理系2011.05.09目录Linux简介http://linux.chinaitlab.com/special/linuxcom/Vasp初步1.概述2.单个原子的计算（H原子）3.晶格常数的优化4.计算前的验证5.能带计算(单层石墨graphen)Linux使用简介登陆方式1.Windows登录方式远程登录主要有SecureShell(SSH)的登陆方式。在Windows系统下需要安装支持SSH的终端模拟器软件（如SecureCRT、Mindterm等)。2.Linux登录方式若采用Linux终端，也可以登录

2、远程主机，登录方式如下；用法：ls选项例：ls#查看当前目录内容ls–a#查看所有的文件ls–l#查看文件详细信息，如显示了文件创建的日期、它的大小、所有者、权限等等.ls*.exe#显示扩展名为exe的文件ls：查看目录内容mkdir创建目录（文件夹）用法：mkdir路径+目录名例：mkdirmydir#在当前路径下创建mydirmkdir/tmp/dir#在/tmp目录下创建dirmkdir创建目录（文件夹）用法：mkdir路径+目录名例：mkdirmydir#在当前路径下创建mydirmkdir/tmp/dir#在/tmp目录下创建dircd：改变所在目录

3、使用方式:cd[dirName]例：cd/home/test#进入/home/test目录cd..#回到上一级目录cd#回到你的登录目录cdtest#进入当前目录下的test目录pwd：显示你的当前路径用法：pwd例：cd/share/apps/vasppwd/share/apps/vaspvi建文件文与本编辑器用法：vi文件名进入vi后命令：i–光标前插入文件操作按Esc，打“：”出现命令提示：q－退出wq－存盘退出q！－不保存退出cat：显示文件内容用法：cat文件名cp复制文件用法：cp源文件目标文件例：cpfile1file2#当前目录下复制file1到

4、file2cpfile1/tmp#复制当前目录下的file1到/tmp目录下mv移动文件用法：mv源文件目标文件例：mvfile1file2#当前目录下将file1移动到file2cpfile1/tmp#移动当前目录下的file1/tmp目录下rm删除文件用法：rm文件名例：rmfile1#删除当前路径下file1rm–rftest#强制删除test目录ps–aux#查看进程kill进程编号#结束进程Sh脚本的写法http://www.linuxdiyf.com/viewarticle.php?id=20338详细请参见Linux压缩与减压数据传输1.与wind

5、ows主机的数据传输sz：下载linux数据到windows主机下，默认目录~SecureCRTdownloadrz：上传windows文件到linux主机下，自己选择目录2.Linux系统之间的数据传输在普通用户下$scp–rusrname@10.253.112.***:~direction/filename./1.概述软件主要功能：l采用周期性边界条件（或超原胞模型）处理原子、分子、团簇、纳米线（或管）、薄膜、晶体、准晶和无定性材料，以及表面体系和固体l计算材料的结构参数（键长、键角、晶格常数、原子位置等）和构型l计算材料的状态方程和力学性质（体弹性模量

6、和弹性常数）l计算材料的电子结构（能级、电荷密度分布、能带、电子态密度和ELF）l计算材料的光学性质l计算材料的磁学性质l计算材料的晶格动力学性质（声子谱等）l表面体系的模拟（重构、表面态和STM模拟）l从头分子动力学模拟l计算材料的激发态（GW准粒子修正）Vasp初步本服务器信息[wangrui@phy-clusterbin]$catvasp-p#!/bin/shsource/opt/intel/impi/4.0.0.027/bin64/mpivars.shwhichmpdbootmpdbootmpiexec-n1/share/apps/vasp/bin/va

7、sp52_impi4.0.0.027_mkl10.2.5.035在同一个目录下准备好四个文件：INCARPOSCAR(POSITION+CAR)KPOINTSPOTCAR(类似于分子动力学中势场文件，但信息更多)2.单个原子能量计算（H原子）氢原子的能量为-13.6eV在这一节中，我们用VASP计算H原子的能量INCAR文件SYSTEM=H#注释行ISTART=0#表示新的计算ICHARG=2#表示原子ENCUT=300#切断能ISPIN=2#考虑自旋POSCAR文件Htom#注释行15#晶格常数1.00.00.00.01.00.00.00.01.0#晶格基矢量

8、1#原胞内的原子Cart