基因组的遗传分析课件

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1、基因组的遗传学分析生科131朱泽贤2015.11.10个体基因组的遗传变异01个体基因组的遗传变异类型简称大小/bp发生频率/kb基因座数量单核苷酸多态性SNP111000万插入或缺失InDel2-1001020万单序列重复SSR3-2003010万拷贝数变异CNV/CNP100-100000030000.86万复杂变异500(singlenucleotidepolymorphisms)SNPs概念：指在基因组水平由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传变异中最常见的一种。人类的SNP一般为二等位基因(Biallelic)。包括一种转换C→A(

2、G→A)和三种颠换C→A(G→T)、C→G(G→C)、T→A(A→T)由于SNP是明确的DNA序列单个碱基改变，用于分辨特殊DNA序列的分子生物学方法都可以用来检测SNP。..GCATTGAC....GGTAACTG....GCATTGAC....GGTAACTG....GCATTGAC....GGTAACTG....GCGTTGAC....GGCAACTG....GCGTTGAC....GGCAACTG....GCGTTGAC....GGCAACTG..wt/wtm/mwt/mSNP检测方法：原理区分01020304ASO，基因芯片，LNA，HRM，液相芯片基

3、于杂交方法：化学识别测序，分子信标，循环探针其他方法：PCR-SSRP，DGGE，CFLP，DHPLC，DASH基于结构，构象：DNA聚合酶，连接酶，RNaseH基于酶法(Deletion-insertionploymorphism)InDel概念：指的是在人类基因组中，有一个或几个碱基对长度的插入或缺失。可用DNA芯片技术和ASO技术，在SNP附近检测到75%长度为1或者2个碱基对的DIP。寡核苷酸探针特异杂交(ASO)设计中包含SNP位置的特异的寡核苷酸顺序，通过严格控制杂交和洗脱条件，同时设置对照，进行杂交时将SNP通过ASO杂交区分出来。(CopyNum

4、berPolymorphism)CNV概念：指在人类基因组中广泛存在的，从1000bp到数百万bp范围内的缺失、重复和复杂多位点的变异CNPs与一些复杂疾病表型有关，但数据不足使得当前CNVs发现技术的发现率远低于CNP核型分析荧光原位杂交（FISH）二代测序基因芯片分辨率低低高高检测范围只能检测大于5-10Mb突变只能检测已知位点，通量较小覆盖全基因组覆盖全基因组杂合性缺失（LOH）/单亲二倍型（UPD）不能检测不能检测能检测能检测针对FFPE样本FFPE失败率高FFPE失败率高FFPE样本运行测序困难有专门针对存放时间较长的FFPE样本的芯片产品优缺点染色体

5、处理过程对操作者技术要求高，不同人员操作可能会导致完全不同的展带效果定制进口探针，价格昂贵成本昂贵一张芯片，多种数据，快速、准确、高性价比1.已知综合征及一些病例数据库：Decipher2.正常人拷贝数数据库：DGV3.病例数据库含很多中心上提的芯片数据及部分资料：ISCA4.UCSC上可以看到以上数据库的内容，用来查询某特定区域或基因是否存在CNV等等(PositionalCloning)定位克隆概念：图位克隆(Map-basedcloning)又称定位克隆(positionalcloning)用该方法分离基因是根据目的基因在染色体上的位置进行的，无需预先知道

6、基因的DNA顺序，也无需预先知道其表达产物的有关信息。定位克隆的步骤：PrimarymappingFinemappingCandidategeneComplementationtestFunctionalanalysis(GenomeWideAssociationStudies)GWAS概念：全基因组关联研究是一种检测特定物种中不同个体间的全部或大部分基因，从而了解不同个体间的基因变化有多大的一种方法。不同的变化带来不同的性状，如各种疾病的不同。利用全基因组范围内筛选出高密度的分子标记对所研究的群体进行扫描，分析扫描得出的分子标记数据与表型性状之间关联关系的方法

7、。建立研究群体提取样本 DNA检测和质量控制对SNP 和目标性状进行关联分析分析及验证谢谢观看2015.11.10