细菌的分类与命名_9课件

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1、第6章细菌的分类与命名动物医学院张炜内容提要细菌的分类以种为基本单位，它的命名遵循“双名法“，用拉丁文。细菌的分类鉴定参照的标准长期以来是根据其表型，目前则多考虑其种系发生关系，从基因水平进行分类。《伯吉氏系统细菌学手册》及《伯吉氏细菌鉴定手册》建立了细菌分类的公认体系。“国际系统与进化微生物学杂志”反映分类的研究成果。根据表型特征建立了一套动物致病菌检测程序，商品化的快速鉴定系统已应用于常规细菌学鉴定。PCR方法也愈来愈广泛应用于细菌鉴定。2第一节细菌的分类地位细菌的分类单元与动植物一样，也有纲、目、科、属、种，但是最重要、最基本的单元是种，

2、其次是属。科及科以上的划分在细菌学不太完善34属（genus，复数genera）是具有共性的若干种的组合，应与其它属有明显的差异。不同属之间的16SrRNA序列有较大的差异，差异应大于5~7%。种（species）是微生物学分类的最基本单元，种可认为是一群性质相似的菌株，它与其它菌株群体有明显差异。种的概念比较抽象，根据表型特征，并不容易界定。专家建议，根据16S核糖体RNA序列的异同，可作为定种的依据，凡是16SrRNA序列同源性大于97%的两株细菌，即可确定为同一种。有时尚需结合DNA杂交的结果综合考虑，后者的同源性应大于70%。菌株（st

3、rain）是不同来源的某一种细菌的纯培养物。同一种细菌可有许多菌株，其主要性状应完全相同，其次要性状可稍有差异。菌株的名称没有一定的规定，通常用地名或动物名的缩写加编号作菌株名。某些具有特殊性状的菌株用于细菌基因工程等研究的需要，这些菌株的名称已为同行熟知，如大肠杆菌K12。5第二节细菌的命名细菌的命名依据“国际细菌命名法规”（TheInternationalCodeofNomenclatureofBacteria）的规定，学名用拉丁文，遵循“双名法”。所谓“双名法”就是每一种细菌的拉丁文名称与动、植物名称一样，由属名和种名两部分构成，属名在前

4、，种名在后，属名第一个字母必须大写，其余均应小写，即使种名是以人名或地名命名的，种名头一个字母也用小写。整个属名及种名在出版物中应排成斜体。为便于国内交流，细菌的拉丁文名称一般都译为汉语，中文译名与拉丁名正好相反，种名在前，属名在后。6只确定属名、未确定种名的某一株细菌，其拉丁文学名可在属名之后加sp.（正体字）；如果同属未定种名的若干菌株，则用spp.取代sp.，spp.为species复数的简写。如果是新种，在新种的拉丁文学名之后还要加上“sp.nov.”，nov是novel的缩写，新的意思。例如Lawsoniaintracellulari

5、sgen.nov.,sp.nov.，译为：胞内劳森菌，新属新种。7第三节细菌分类鉴定的标准表型长期以来，细菌分类鉴定的主要依据是其表型（phenotype）特征，即形态、染色、培养、细胞壁结构、生理生化及抗原性的特征。这些表型特征对细菌的鉴定和分类具有很重要的作用，尤其是在临床微生物学的实践中，至今仍有应用价值。8DNA（G+C）mol%值除RNA病毒以外，各种生物都具有遗传物质DNA，其DNA的鸟嘌呤（G）和胞嘧啶（C）的摩尔百分数是恒定的。微生物也一样，亲缘关系密切、表型高度相似的微生物往往有相似的（G+C）mol%。超过5%时，就不可能属

6、于同一种；相差超过10%时，则可为不同的属各种生物的DNA（G+C）mol%示意图9核酸分子杂交（DNA-DNAhybridization）其原理是将待检菌的DNA变性，其双链解为单链，而后与标记的参考菌株的单链DNA或rRNA杂交，形成杂交DNA-DNA或DNA-rRNA。两种细菌DNA中共同的核苷酸序列愈多，杂交的互补区愈多，二者的同源性就愈高，亲缘关系就愈近。其原理是将待检菌的DNA变性，其双链解为单链，而后与标记的参考菌株的单链DNA或rRNA杂交，形成杂交DNA-DNA或DNA-rRNA。两种细菌DNA中共同的核苷酸序列愈多，杂交的互

7、补区愈多，二者的同源性就愈高，亲缘关系就愈近。1016SrRNA寡核苷酸编目（16SrRNAoligonucleotidecatalog）其原理是分析比较细菌菌株的16SrRNA寡核苷酸序列，据此确定其分类地位。之所以选择16SrRNA，是因为rRNA的一级结构高度保守，但又含有可变区段，可作“大同小异”的比较。此外，与23SrRNA及5SrRNA比较，16SrRNA的分子量大小适中，因此被选定为公认的分类指标。11第四节细菌分类的方法长期以来，细菌分类采用传统的双歧检索条目分类法。此法首先要在细菌的各种性状中，选择一项或数项被认为是最主要的基

8、本性质，作为分类指征，在最高一级的分类等阶上将细菌分成若干类别；然后在这些类别中，选择数项次要性状为指征，将细菌作次一等阶分类，依此类推，一直划分到种