利用seqman进行序列拼接

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1、利用SeqMan进行序列拼接Step1:打开Seqman软件Step2:加入你要拼接的序列点击Addsequences查找并选中要拼接的序列（可按住control键进行多选）点击Add按钮填加选择的序列填加完后点击done注：最好用测序的图谱尽量不要直接用测序得到的序列Step3:去除末端序列主要是去除序列末端测序质量差或是载体序列有两种方法可以用来去除这类末端序列其一：利用Seqman自带的去除工具自动去除（利用Trimends按钮进行）其二：手工去除个人感觉手工去除方法最有效，因此下边我们以后工去除为例进行演示手工去除侧翼序列双击

2、要去除侧翼序列的目标序列将鼠标放到测序图谱左边的一个黑色的竖线上，此时鼠标会变成一个有两个箭头的水平线按住左键拖动黑竖线，那么你就会发现侧翼序列的颜色变浅，这部分变浅的序列则就被去除，不再参加后面的拼接此步请将测序不准确或认为是载体的序列用这种方法去除。测序准确的峰形图峰形规则，一般在序列的中部，如下图所示测序不准确的峰形图峰形较乱，很难判断是哪个碱基，一般位于序列两端，如下图所示Step4:进行序列拼接点击Assemble按钮在新出现窗口处点击拼接好的contig1在出现的Alignmentofcontig1窗口中点击左三角显示序列

3、的测序图谱点击菜单contig->strategyview可以观察序列拼接的宏观图Step5:查找拼接错误findconflictà点击菜单Edit点击FindPrevious或FindNext查找接接中出现的错误还可以通过Seqman左下角的快捷按钮查找错误的拼接查找错误的拼接错误的拼接的类型类型1：两条序列的测序结果不一致并明显一条测序质量好而另一条质量差处理：直接将该处修改为正确的碱基类型2：两条序列的测序结果不一致并两条测序质量都比较差处理：重新测序或用新的合适引物重新测定类型3：两条序列的测序结果不一致并明显两条测序质量都好

4、处理：测序过程出现问题，重新测定Step6:导出拼接的序列可选择合适的格式，导出拼接好的序列通过以上几步我们就能很快将几个测序片段进行拼接，大家可以拿着自己的序列试试!当然如果两个测序片段的拼接片段太短可能利用默认的参数不能完成拼接，大家可以试着修改一下拼接参数试试!如降低Matchsize及MinimumMatchPercentage的值!修改参数命令