水稻基因组中分泌蛋白的初步分析

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1、维普资讯http://www.cqvip.com分子植物育种，2008年，第6卷，第5期，第101卜1014页MolecularPlantBreeding，2008，Vo1．6，No．5，101卜1014新思路、新技术、新方法NovelThinking&Technology水稻基因组中分泌蛋白的初步分析吴毅歆1,2熊国如袁远1罗灯涛1何月秋1云南农业大学农业生物多样性与病虫害控制教育部重点实验室，昆明，650201；2云南省农科院经济作物研究所，昆明，650205通讯作者，heyueqiu@163．net摘要本文利用SignalP3．0两种算法NN(neuralnetwork)和HMM(hi

2、ddenmarkovmode1)对水稻基因组中59712个ORF进行了初步的筛选，其中有4433个ORF编码的蛋白具有分泌特性，占整个基因组的7．3％。4433个具有分泌特性的蛋白，在染色体的分布是不均一的。在1号染色体的所占的比例最多，为8．8％；而l2号染色体上所占的比例最少，为5．0％。其中在具有分泌特性的蛋白中，酶类、非酶类和推测蛋白分别占具有分泌型信号肽蛋白的24．9％、45．7％和29．5％。关键词水稻基因组，分泌蛋白，预测ThePrimaryAnalysisofSecretedProteinsintheRice(OryzasativaL．ssp．··、lapontcaJueno

3、meWuYixinuXiongGuoruYuanYuanLuoDengtaoHeYueqiu1KeyLaboratoryofAgriculturalBiodiversityandPestsCon~ol，MinistryofEducation，YunnanAgdculturalUniversity，Kunming，650201；2CashCropResearchInstitute，YunnanAcademyofAgriculturalSciences，Kunming，650205Correspondingauthor,heyueqiu@163．netAbstractThe59712ORFswe

4、reanalyzedbytwoalgorithmsneuralnetworkandhiddenmarkovmodel0-IMM)ofSignalP3．0and4433oRFs，7_3％oft_hewholericegenome，encodingsecretedproteinswerepredicted．TheNO．1Chromosomehasthemostsecretedproteins，8．8％ofthegenome，andtheNO．12hasthelest，5％ofthegenome．Inthe4433oRFs，therearethreeproteinsenzymes，non·enzy

5、mesandhypotheticalproteins，24．9％，45．7％and29．5％respectively．KeywordsRicegenome，Secretedprotein，Prediction水稻(OryzasativaL．ssp．aponica)基因组的测序个具有NBS—LRR结构域的抗病基因在水稻全基因工作和遗传框架图已于2002年发表(Gofeta1．，组中的整体特征，将其分成了两大类：与TIR的受2002)，接着需要进行的就是水稻的基因功能组、转录体同源和与TIR的受体非同源的，并分析了这些基组、蛋白质组及代谢组学的研究。较准确地注释水稻因的结构特点、进化及在水稻染色

6、体上的分布特基因组以及从整体上了解基因家族的结构特点和功点。这些工作无疑提高了人们在整体上对基因组的能对积极推动基因功能研究具有重要意义。生物信认识水平。本文利用准确性较高的生物信息学软件息学软件为这一工作提供了很好的工具。如KanapinSignalP3．0(Hillereta1．，2004)初步将水稻基因组中等学者(2003)~1J用几种生物软件对老鼠的基因组进59712个ORF分成了两大类群：分泌型和非分泌行了功能和结构分析，通过比较老鼠和人类的基因，型。初步得到了水稻的分泌蛋白组学，这更有利于我得到了在哺乳动物中蛋白的一些共同模式。他们的们今后水稻和环境及病原菌间的互作。研究结果不仅

7、为多核生物分泌蛋白和跨膜蛋白的研1材料与方法究提供了重要的统计数据，还发现了一些新的结构域。Monosi等(2004)分析了水稻基因组中大约580利用http：llwww．cbs．dtu．dk／services／SignalP／上基金项目：本研究由国家863计划项目(2002AA245041)资助维普资讯http://www.cqvip.com分子植物育种1O12Mo1ecu1arPIantBreeding提