ms晶体建模基本方法(团簇模型)

《ms晶体建模基本方法(团簇模型)》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在工程资料-天天文库。

1、【分享】MS晶体建模基本方法（团簇模型）作者:guolianshun(站内联系TA)收录:2010-10-11发布:2010-09-28第一种情况:从程序自带的各种晶体及有机模型中导入体系的晶胞1．打开MS，由file>import>structures>metals>pure-metals>Fe导入Fe的晶胞。2．由build>Surfaces>cleaveSurfaces打开对话框.在对话框中输入要建立的晶面（hkl），选择position，其中depth控制晶面层数。3．进入build>Superce

2、ll，输入A、B、C的值，得到想要的超晶胞。4．到该步骤，我们已经建立了一个周期性的超晶胞。如果要做周期性计算，则应选择build>Crystals>buildvaccumslab，其中真空层通常选择10埃以上。如果建立团簇模型则选择build>Symmetry>Non-periodicStructure，去掉模型的周期性，并跟据自己的实际需要删除部分原子，得到想要的团簇模型。5．在表面插入分子时通过菜单栏上的几个小图标添加即可。第二种情况:20currencydeposit,weprescribeapass

3、onaregularbasis,qilucardaccountonaregularbasis),certificatebondsandsavingsbonds(electronic);3.notdrawnonabanksavingscertificate,certificatebondsapplyformortgageloans,acceptingonlythelender手动建模，优点是可控制晶格常数。6．首先从文献中查到晶体的晶格常数的实验值。7．打开build>Crystals>buildcrystal

4、s，可见到对话框。在对话框中选择空间群与点群，然后在LatticeParameter中设置晶胞基矢的长度及夹角。8．然后打开build>Addatom，从对话框中输入坐标。这里只需输入几个有代表性的原子的坐标，不必全部输入。在坐标输入前首先在option页面中选择coordinatesystem，或者分数坐标或者卡迪尔坐标。9．以下步骤重复2-5步。10．20currencydeposit,weprescribeapassonaregularbasis,qilucardaccountonaregularbas

5、is),certificatebondsandsavingsbonds(electronic);3.notdrawnonabanksavingscertificate,certificatebondsapplyformortgageloans,acceptingonlythelender需要注意的是，采取什么样的团簇并不是任意的。原因是很多模型构造出来后在优化过程中往往不收敛。要避免这个问题的办法是查阅文献，参考文献上模型进行选取，因为它们的模型通常是经过试验证实收敛的。几点说明1．与高斯相比，dmol3能够

6、计算的体系更大。如果要研究表面的吸附，而模拟表面的团簇模型又比较大，建议采用dmol3。如果计算的是局部化学反应，而体系也不是很大，则可以使用高斯。2．关于是否考虑周期性条件的问题研究金属表面时，团簇计算方法在前些年由于计算量小曾经被广泛的应用过，直到现在也被很多人在使用着，主要被用来计算吸附和多个分子的共吸附等，即不考虑化学键的断裂。近年来由于国际上计算能力的提升，人们开始考虑周期性条件，这点从JPCA，JPCB，PRL，PRB，JACS等杂志上刊出的文章里也可以看出，但是计算量要大很多。需要注意的是，由于

7、团簇计算方法没有考虑周期性，即在k空间里只计算了Γ点，采用该方法计算表面的化学键的断裂（即表面扩散问题等）时有可能受到质疑。3．在研究表面时，通常把团簇固定，只优化吸附在表面的分子，这一点可以通过菜单栏上的Modify>Constraint实现。首先选定团簇中需要固定的原子，然后在下面的对话框中打勾。同时也可以在Measurement里固定部分键长和键角。4.关于计算参数设置主要有几个参数需要注意1对于Electronic页面，需要注意的是Coretreatment,对于过渡金属原子通常需要考虑相对论效应，因

8、此一般不使用All20currencydeposit,weprescribeapassonaregularbasis,qilucardaccountonaregularbasis),certificatebondsandsavingsbonds(electronic);3.notdrawnonabanksavingscertificate,certificatebondsapplyformortga