蛋白及核酸分析工具http

《蛋白及核酸分析工具http》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在行业资料-天天文库。

1、1.蛋白及核酸分析工具http://www.expasy.org/tools/是一个强大的集成生物信息网站。(1)此网页的包括了预测拓扑Topologyprediction•NetNESLeucine-richnuclearexportsignals(NES)ineukaryoticproteins（真核蛋白的富含亮氨酸的核输出信号）•PSORT-Predictionofproteinsubcellularlocalization（蛋白亚细胞定位）•SecretomeP：Non-classicalandleaderlesssecretionof

2、proteins（蛋白的非经典和无导肽分泌）•TargetP-Predictionofsubcellularlocation（亚细胞定位）•TatP-Twin-argininesignalpeptides（精氨酸信号肽）•DAS-PredictionoftransmembraneregionsinprokaryotesusingtheDenseAlignmentSurfacemethod(StockholmUniversity)（原核生物中跨膜区预测）•HMMTOP-Predictionoftransmembranehelicesandtopo

3、logyofproteins(HungarianAcademyofSciences)（蛋白跨膜螺旋和拓扑结构预测）•PredictProtein-Predictionoftransmembranehelixlocationandtopology(ColumbiaUniversity)（跨膜螺旋定位和拓扑预测）•SOSUI-Predictionoftransmembraneregions(NagoyaUniversity,Japan)（跨膜区预测）•TMHMM-Predictionoftransmembranehelicesinproteins(

4、CBS;Denmark)（跨膜区螺旋预测）•TMpred-Predictionoftransmembraneregionsandproteinorientation(EMBnet-CH)（跨膜区和蛋白定向预测）•TopPred-Topologypredictionofmembraneproteins(France)（膜蛋白的拓扑预测）最常用的跨膜区预测的两个网站预测跨膜螺旋结构的TMHMM-Predictionoftransmembranehelicesinproteins(CBS;Denmark)网页为http://www.cbs.dtu.d

5、k/services/TMHMM-2.0/预测跨膜区以及跨膜方向的TMpred-Predictionoftransmembraneregionsandproteinorientationhttp://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html（2）蛋白质一级结构预测Primarystructureanalysis•ProtParam-Physico-chemicalparametersofaproteinsequence(amino-acidandatomiccompositions,isoelect

6、ricpoint,extinctioncoefficient,etc.)（蛋白序列的化学参数包括氨基酸、原子组成、等电电、消光系数等）•ComputepI/Mw-Computethetheoreticalisoelectricpoint(pI)andmolecularweight(Mw)fromaUniProtKnowledgebaseentryorforausersequence（计算理论上的等电点和分子重）•ScanSitepI/Mw-ComputethetheoreticalpIandMw,andmultiplephosphorylati

7、onstates（计算理论上的等电点和分子重和多磷酸化状态）•MW,pI,Titrationcurve-ComputespI,compositionandallowstoseeatitrationcurve（计算理论上的等电点和组成，可以看滴定曲线）•ScratchProteinPredictor•HeliQuest-Awebservertoscreensequenceswithspecificalpha-helicalproperties（一个网站利用专门的alpha螺旋扫描蛋白）•Radar-Denovorepeatdetectioninp

8、roteinsequences（蛋白序列的重头重复检测）•REP-Searchesaproteinsequenceforrepeats（利用重复子搜索