5310.生物信息学导论：面向高性能计算的算法与应用

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1、<<生物信息学导论：面向高性能计算的算法与应用>>猛点这里下载全部内容目录：第一篇预备知识篇第1章分子生物学基础1.1生命的演化与分类1.2核酸：dna与rna1.3蛋白质1.4dna的复制1.5基因与染色体1.6基因表达1.7现代生物工程技术1.8现代分子生物学中的经典计算问题第2章数学及计算机科学基础2.1线性代数理论2.2概率论基础知识2.3最优化理论2.4统计学习理论2.5函数增长速度的比较第二篇序列分析篇第3章序列比对的基本方法3.1序列的相似性与同源性3.2点阵图3.3两序列比对概述3.4全局比对的动态规划方法3.5局部比对的动态规划

2、方法3.6重叠区域匹配的准全局比对算法3.7空位罚分模型3.8仿射空位罚分模型下的全局比对算法3.9仿射空位罚分模型下的局部比对算法3.10降价空间存储的两序列比对算法3.11降低时间开销的两序列比对算法3.12比对得分的正则化3.13启发式的近似寻优比对算法3.14比对得分的统计学显著性3.15多序列比对3.16氨基酸替换矩阵3.17小结第4章序列比对的并行计算4.1并行编程模型4.2并行计算机系统结构4.3序列比对及其并行化方案4.4smith-waterman算法的细粒度并行实现4.5序列数据库搜索的粗粒度并行算法4.6多序列比对的并行算法

3、4.7基于专用硬件fpga的序列比对第5章基于字符串精确匹配的序列比较5.1模式的精确匹配与非精确匹配5.2朴素的模式匹配算法5.3线性时间的字符串搜索算法5.4基于关键字树的模式集合匹配算法5.5后缀树5.6后缀树的构造5.7后缀数组5.8基因组中的重复序列5.9后缀树用于搜索重复子串和独特子串5.10最长重复序列的搜索算法5.11广义后缀树5.12最长公共子串问题5.13k次失配问题5.14小结第6章基因识别6.1基因识别与预测的计算方法6.2预测算法的准确性度量6.3独立识别法6.4基于比较的基因识别方法第7章马氏链与隐马氏模型7.1马尔可

4、夫链7.2隐马尔可夫模型7.3计算全概率的正向算法7.4计算全概率的反向算法7.5解码问题的viterbi算法7.6模型参数的估计7.7带有哑状态的hmm7.8谱hmm7.9采用谱hmm进行多序列比对建模7.10利用hmm对基因识别问题进行建模第8章序列进化的基本模型8.1核苷酸替代的进化模型8.2连续时间下的进化模型8.3离散时间下的进化模型第9章分子进化树的重构9.1进化树的概念与术语9.2进化树重构的简约类方法9.3讲化树重构的距离类方法9.4进化树重构的统计类方法9.5树拓扑空间的搜索技术9.6似然度最大化的数值算法9.7模型选择与假设检

5、验问题9.8进化树拓扑结构的建模、估计与检验第三篇蛋白质组学分析篇第10章蛋白质的结构预测10.1蛋白质的层次性结构10.2常见的二级结构单元10.3蛋白质二级结构检测10.4蛋白质二级结构预测的计算方法10.5蛋白质二级结构预测算法的性能评价10.6蛋白质结构的比对方法第11章蛋白质序列鉴定的质谱分析11.1质谱技术11.2质谱数据分析11.3实验质谱数据的预处理11.4质谱比较的非概率型打分方法11.5质谱比较的概率型打分方法11.6基于串联质谱的蛋白质鉴定11.7蛋白质鉴定的从头测序法11.8含有修饰的质谱比较与肽鉴定第四篇生物学网络分析篇

6、第12章蛋白质相互作用的预测12.1蛋白质之间的相互作用12.2蛋白质相互作用测定的实验方法12.3研究蛋白质相互作用的生物信息学分析方法12.4蛋白质结构域水平的相互作用预测12.5小结第13章生物学网络的模块划分13.1引言13.2复杂网络的结构特征13.3复杂网络结构特征度量指标的计算方法13.4生物学网络结构分析的并行计算13.5复杂网络的结构模块划分及生物学网络功能模块挖掘13.6生物学网络模块划分的传统聚类方法13.7生物学网络模块划分的谱聚类方法13.8生物学网络模块划分的混合式聚类算法13.9网络模块划分结果的评价第14章大规模网

7、络的数据挖掘技术14.1聚类分析14.2层次聚类法14.3k均值聚类方法14.4核分析方法14.5基于核的k均值聚类方法14.6谱聚类方法14.7k均值聚类与谱聚类的统一主题索引人名索引插图索引表格索引算法索引参考文献猛点这里下载全部内容