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1、有机化学及相关学科数据库、软件简介一、有机化学软件计算机作为一种化学学习和研究的工具有着不可替代的作用。它不仅能够帮助我们进行文字及图形处理等文书工作，而且可以在化学学习与研究的各个方面协助我们更快、更好的工作。本章介绍一些常用的能在PC机上使用的化学类软件，以期能帮助读者在自己的学习和研究中做出有效、快速的选择。1化学绘图软件化学绘图软件于20世纪80年代就有产品问世,经历了由简单的分子平面图形的绘制,到三维立体结构模拟,如果说平面图形是简单的绘画,那么三维结构的模拟则是在分子和原子水平上利用分子力学、分子动力学和量子化学计算手
2、段模拟和分析分子的立体构象的综合性研究。这些生动的分子形象使化学家从本质的分子作用机制出发,理解和搞清化学反应的机理和难易程度,以及分子间的立体结构和电性、疏水性的相关性,探讨分子发生反应的可能性以及分子生物活性的大小与其结构之间必然的本质联系。目前的绘图软件已经不局限于绘图功能,有些软件已经将化合物命名及常用物理常数整合在一起,应用起来更加方便。1.1ACD/ChemsketchAdvancedchemistryDevelopmentInc(简称ACD)是位于加拿大的一家专门制作各种专业化学软件的公司。该公司共推出Chemske
3、tch1.0、3.5和4.53个版本,目前均为免费软件。Chemsketch4.5软件,包括几十个绘图模板与一个3Ｄ显示软件。具有以下主要功能:结构模式:画化学结构,计算其各种属性。绘图模式:进行文本与绘图操作。计算分子属性:自动计算分子量、原子百分组成、克分子折射率、克分子体积、折射率、表面张力、密度、介电常数、极化率。1.2ISISDrawISISDraw由MDLIformationsystemsInc开发,其早期版本为1.0版,后发行了2.2版,最新版本为2.3版。该软件为自由软件,无注册费无使用期限,但是不能进行商业买卖。
4、是目前免费软件中做的最好的一个专业的结构式绘图软件之一。ISISDraw最大的特点是对Chemoffice的兼容性好。用它作好的化学结构式可以直接拷贝到Chem3D5.0中进行三维结构的计算。在投稿上,它有JOC、JMC等杂志的专用格式。ISISDraw2.3版新增Chemsketch4.5的部分功能,也可以计算分子属性。1.3ChemWindowChemWindow由SoftshellIntern.Ltd1989年推出首版,到1993年发行了3.0版,目前最新版本为6.0,但需要购买,3.0版是一个免费软件。ChemWindow
5、主要功能是能绘出各种结构和形状的化学分子结构式及化学图形,具有一般其他绘图软件所不具备的化学分子图形编辑功能。使用过程中,默认保存为cw2文件,可通过拷贝的方法直接转到Word/powerpoint中,在Word6.0-Word97中,它自动转为office绘图做成的图形,可以直接双击的方式在Word中编辑,Word文档体积小,并且在制作powerpoint幻灯片时,因为自动转变成office图形,背景可自由改变。它也可以通过自带的转换器导入ChemDraw等其它分子式绘图软件的文件。1.4ChemDrawChemDraw是Che
6、moffice套装软件之一,由CambridridgeSoftCorporation公司出品,用于读取和构造各种格式的化学结构式,其增强版的功能更全。Chem3D是Chemoffice软件的套件之一,将二维平面图形转化成三维的空间结构。ChemProppro为另一插件:计算BP,MP,logP,反应生成热等。该软件为商用软件。1.5三维结构比较有名的化学三维结构显示与描绘软件有：Chem3D,WebLabViewerPro,RasWin,ChemBuilder3D,ChemSite等，它们都能够以线图(wireframe),球棍(
7、ballandstick),CPK及丝带(ribbon)等模式显示化合物的三维结构。其中的RasWin和WebLabViewer的Lite版只能显示而无法编辑三维分子模型，为免费软件，RasWin可以在几乎所有的化学软件站点找到，WebLabViewer的下载地址为http://www.msi.com。 wireframeballandstickCPKChem3D同ChemDraw一样，是ChemOffice的组成部分，它能很好地同ChemDraw一起协同工作，ChemDraw上画出的二维结构式可以正确地自动转换为三维结构。它的u
8、ltra版本还包括了一个很好的半经验量子化学计算程序MOPAC97，并能与著名的从头计算程序Gaussian98连接，作为它的输入、输出界面。能够以三维的方式显示量子化学计算结果，如：分子轨道、电荷密度分布等。WebLabViewer的pro版本表
