lncrna全国讲座课件

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1、——长链非编码RNA研究思路“Learner&Nontrivial&Confidence”-RNA施沫全国技术中心技术支持经理上海其明信息技术有限公司Learner“Youstartprojectsandyouhavenoideawhattoexpect.It’sthatkindofchallengethatIenjoyverymuchasascientist.”NontrivialCircRes2012ConfidenceTherapeuticapproachInclinicaltrialsApprovedtherapy

2、EnzymereplacementtherapyYESYESGenetherapyYESYESNuclearreceptorligandsYESYESChromatinorDNAmodulatorsYESYESArtificialtranscriptionfactorsYESNOMicroRNAmodulatorsYESNOCis-actinglncRNAmodulatorsNONOTrans-actinglncRNAmodulatorsNONO非タンパクコードRNAを利用した医薬開発GenomeNetworkProtei

3、n2Protein1Protein3Protein4Protein5Protein5PGene2ProteinXGene10ncRNA3ncRNA4Gene5Gene6DrugGene7Protein10Protein12Gene3Protein7Protein7Protein8Protein9Gene1Protein11Protein13ncRNA1ncRNA6Gene4Gene11Gene9ncRNA2Gene8DiseaseNewTargetofMedicineMutsumiKanamori-KatayamaPh.D

4、.YoshihideHayashizakiM.D.,Ph.D.RIKENGenomeSciencesCenterGenomeExplorationResearchGroup物种间数量变化趋势Ryanet.al,BioEssays29:288–299(2007)LncRNA>200nt结构类似mRNA具有外显子/内含子低蛋白编码潜力NonCodingRNA分类LncRNA来源LncRNA表达特异性CabiliMN.IntegrativeannotationofhumanlargeintergenicnoncodingRNAs

5、revealsglobalpropertiesandspecificsubclasses.GenesDev.2011Sep15;25(18):1915-27lncRNA调控方式案例ncRNA调控lncRNA反式与顺式调控lncRNA的反式调控方式ncRNAPANDA募集转录因子NF-YA，启动细胞凋亡通路反式调控Cell2011ncRNA-andPc2Methylation-DependentGeneRelocationbetweenNuclearStructuresMediatesGeneActivationProgra

6、mslncRNA的顺式调控方式——稳定RNANatureMedicine2010ExpressionofanoncodingRNAiselevatedinAlzheimer’sdiseaseanddrivesrapidfeed-forwardregulationofβ-secretaseexpression早发老年性痴呆病中BACE1-AS高表达导致BACE1mRNA稳定性增高，蛋白积聚，体现了ncRNA的毒性效应BACE1BACE1-AS拷贝数染色体定位表达Science案例分析其明成功案例IF:31.027所涉及的实验

7、技术AffymetrixHTA2.0芯片与全转录组测序+生物信息分析Northernblot与qPCR验证Chip-Seq与Chip-qPCR双荧光素酶报告基因Lnc-DC功能实验RNA干扰过表达小鼠模型构建RIP与RNAPullDownFISH定位Truncationmutants药物干预实验实验材料细胞系实验Monocytedendriticcell动物实验小鼠模型实验结果芯片结果聚类图测序结果散点图backNorthernblotlncRNA-DC在免疫细胞中的表达情况lncRNA-DC在DC/mono细胞群中的表达

8、情况backChIP-Seq与ChIP-PCR结果back荧光素酶报告分析，验证转录因子结合区域荧光素酶报告实验backLNC-DC行驶的细胞功能研究干扰结果过表达结果back小鼠干扰模型小鼠中lnc-DC的同源序列设计RNAi干扰人类序列RNAi细胞干扰实验抑制DC细胞分化back通过STAT3的RI