人bmpr2基因5′侧翼序列生物信息学分析及克隆

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1、人BMPR2基因5′侧翼序列生物信息学分析及克隆作者：何震宇，李月琴，张欣,周天鸿【摘要】目的分析人BMPR2基因5′侧翼序列的特征，预测其潜在的启动子区段，克隆5′侧翼大片断。方法提取人BMPR2基因的5′侧翼序列，用CpG岛预测软件、重复序列分析软件、启动子预测软件对其进行生物信息学分析，用分段克隆再拼接的方法克隆其5′侧翼近5.5K的大片断。结果人BMPR2基因属于典型的CpG岛相关基因；有4个可能参与转录调控的Alu序列；有多个潜在的启动子区段。成功构建了重组质粒pGL3Basic5.5K，其插

2、入片断包含人BMPR2基因5′侧翼近5.5K的序列。结论人BMPR2基因5′侧翼大片段的成功克隆及生物信息学预测将为通过实验手段研究该基因的表达调控奠定坚实的基础。【关键词】骨形成蛋白Ⅱ型受体；表达调控；生物信息学　　Abstract:ObjectiveToanalyzethesequencefeatureofthe5′flankregionofhumanBMPR2geneandpredictthepotentialpromoterregion,toclonethelargefragmentof5′flan

3、kregionofthisgene.MethodsThe5′flankregionofhumanBMPR2genewassubjectedtobioinformaticsanalysisonlinewithCpGislandspredictionsoftware，repeatsequencepredictionsoftwareand11promoterpredictionsoftware.Inordertoclonea5.5Kfragmentof5′flankregion,twooverlappingfra

4、gmentswereamplifiedseparatelyandlinkedthroughsuccessivecloning.ResultsBioinformaticanalysisshowedthathumanBMPR2genewasatypicalCpGislandassociatedgene,therewerefourAlusequencesandmanypotentialpromotersegmentsdistributinginanapproximate5.5Kregionaroundthetra

5、nslationinitiationcodon.ArecombinantplasmidpGL3-Basic-5.5Kcontainingtheapproximate5.5Kregionaroundthetranslationinitiationcodonwasconstructed.ConclusionsThecloningandbioinformaticsanalysisof5′flankregionofhumanBMPR2genewouldlayasolidfoundationforthestudyon

6、theexpressionregulationofthisgenebyexperiment.　　Keywords:donemorphogeneticproteinreceptorⅡ；expressionregulation；bioinformatics　　人类BMPRⅡ基因位于2q33～34，其编码蛋白为骨形成蛋白Ⅱ型受体(BMPRⅡ)——属于TGFβ受体超家族的跨膜丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶受体，相应的配体为骨形成蛋白BMPs［1］。研究表明，BMPRⅡ参与了机体众多重要的生命活动过程，包括伤口愈合、

7、骨修复、骨重建［2］、胚胎发育、细胞的分化、迁移、凋亡等［3］；BMPRⅡ11基因的突变是原发性肺动脉高压的致病原因［4］；BMPRⅡ所介导的信号能调控某些癌细胞的生长和转移［5，6］。作为一种重要的信号通路中的受体蛋白，其表达应该是受到精密的调控的，研究其表达调控对于阐明其正常的生理功能和异常的病理机制无疑具有极其重要的意义。本研究对人BMPR2基因5′侧翼序列进行生物信息学分析，并克隆出一个约5.5K的片断，为进一步通过实验研究人BMPR2基因的表达调控奠定坚实的基础。　　1材料与方法　　1.1材料

8、　　TakaraLATaq、1KbDNALadder、T4DNAligase均购自大连宝生物公司；pGEM3Z、pGL3Basic载体本实验室保存。　　1.2人BMPR2基因5′侧翼CpG岛的分析　　　　截取人BMPR2基因翻译起始密码子ATG之前的5000nt和之后的500nt共5500nt的序列利用下列在线软件进行CpG岛预测，为方便起见，将序列5′端第一个碱基定为+1位。　　1.2.1CpGIsland