黄冈师范学院生物信息学实验3

《黄冈师范学院生物信息学实验3》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在教育资源-天天文库。

1、一、生物信息学数据库或者软件1.GenBank网址:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18073190/简介:GenBank(R)isacomprehensivedatabasethatcontainspubliclyavailablenucleotidesequencesformorethan260000namedorganisms,obtainedprimarilythroughsubmissionsfromindividuallaboratoriesandbatchsubmissionsfromla

2、rge-scalesequencingprojects.Mostsubmissionsaremadeusingtheweb-basedBankItorstandaloneSequinprogramsandaccessionnumbersareassignedbyGenBankstaffuponreceipt.DailydataexchangewiththeEuropeanMolecularBiologyLaboratoryNucleotideSequenceDatabaseinEuropeandtheDNADataBankofJapanen

3、suresworldwidecoverage.GenBankisaccessiblethroughNCBI'sretrievalsystem,Entrez,whichintegratesdatafromthemajorDNAandproteinsequencedatabasesalongwithtaxonomy,genome,mapping,proteinstructureanddomaininformation,andthebiomedicaljournalliteratureviaPubMed.BLASTprovidessequence

4、similaritysearchesofGenBankandothersequencedatabases.CompletebimonthlyreleasesanddailyupdatesoftheGenBankdatabaseareavailablebyFTP. (GenBank（R）是一个综合性的公开可用的核苷酸序列数据库包含超过260000名生物，主要是不同的实验室和一批大规模测序项目提交的。大多数的意见是分析人员在收到使用基于Web的Banklt或独立的Sequin程序加入编号的。与欧洲分子生物学实验室的核苷酸序列数据库在欧洲和日本D

5、NA数据银行保证全球覆盖日常数据交换。可通过NCBI的GenBank检索系统，Entrez，它整合了主要的DNA和蛋白质序列数据库以及分类，基因组，映射数据，蛋白质结构域的信息，并通过PubMed生物医学文献。BLAST提供的GenBank序列数据库的序列相似性搜索及其他。完成并发布和GenBank数据库的日常更新可用FTP)数据库网页截屏1.SWISS-PROT网址:ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/sp_tr_nrdb/简介:TheSwiss-Protisthebestannotatedproteind

6、atabaseandassuchanabsoluterequirementinthetoolboxofanyproteinchemist.ThedatabaseismaintainedbySIBandEBIanddetailscanbefoundatthe Expasywebsite.(SWISS-PROT是最好的带注释的蛋白质数据库，是任何蛋白质化学家的工具箱的一个绝对的要求。该数据库维护的SIB和EBI还有细节保持可以在网站上找到)数据库网页截屏1.PROSITE网址：http://prosite.expasy.org/prosite_

7、details.html简介：PROSITEisadatabaseofproteinfamiliesanddomains.Itisbasedontheobservationthat,whilethereisahugenumberofdifferentproteins,mostofthemcanbegrouped,onthebasisofsimilaritiesintheirsequences,intoalimitednumberoffamilies.Proteinsorproteindomainsbelongingtoaparticular

8、familygenerallysharefunctionalattributesandarederivedfromacommonancestor.Itisapparent,whe