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1、嗜盐菌AB3中细菌视紫红质和系统发育研究第39卷第3期2005年3月浙江大学【工学版)JournalofZhejiangUniversity(EngineeringScience)VoI_39NO.3Mar.2005嗜盐菌AB3中细菌视紫红质和系统发育研究俞晓伟,迪丽拜尔?托乎提,吴月红,吴敏(1.浙江大学生命科学学院,浙江杭州310027;2.新疆师范大学生物系,新疆乌鲁木齐830054)摘要:为了研究分析嗜盐古生菌物种与细菌视紫红质(BR)蛋白基因资源,分离纯化得到极端嗜盐古生菌AB3.采用聚合酶链式反应<PCR)方法对其编码螺旋C至螺旋G的蛋白基因片断和16SrRNA基因进行了扩增
2、,并测定了基因的核苷酸序列.翻译出的氨基酸序列与已报道的相应片断进行对比,AB3中的螺旋C至螺旋G蛋白与其他菌株差异显着.基于BR蛋白和16SrDNA序列的同源性比较以及系统发育学研究表明,AB3是Natrinema属中的新成员.菌株AB3的16SrDNA序列已被GenBank数据库收录,其序列号为AY277583.关t词:嗜盐古生菌;细菌视紫红质;16SrDNA;系统发育中图分类号:Q78;Q93文献标识码:A文章编号:1008—973X(2005)03—418—05Bacteri0rh0d0psingeneandphylogeneticanalysisonhalophilicarchaea
3、AB3YUXiao-wei,DILBARTohty,WUYue-hong,WUMin(1.CollegeofLifeScience,ZhejiangUniversity,Hangzhou310027,China;2.DepartmentofBiology,XinjiangNormalUniversitytUrumqi830054,China)Abstract:Inordertostudyandanalyzethespeciesandbacteriorhodopsin(BR)proteinresource,astrainofextremelyhalophilicarchaeaAB3wasisol
4、ated.PartialDNAfragmentsencodingaBRproteinfromhelixCtohelixGanda16SrRNAencodinggene(16SrDNA)fromAB3wereamplifiedbypolymerasechainre—action(PCR).andtheirDNAsequencesweredetermined.Theresultsindicatethatcomparedtothede-ducedaminoacidsequencesofotherexistingBRs,BRproteiofromhelixCtohelixGofAB3isobvious
5、lydifferent.TheresultsofhomologyanalysisonBRgeneand16SrDNAandphylogeneticanalysison16SrDNAshowthatthestrainAB3isanewmemberofgenusNatrinema.TheGenBankaccessionnumberofthe16SrDNAsequencesofstrainAB3iSAY277583.andtheresearchestablishesaconvenientandrapidmethodforscreeninganewhalophilicarchaeumforanewBR
6、protein.Keywords:halophilicarchaea;bacteriorhodopsin;16SrDNA;phylogenesis细菌视紫红质(bacteriorhodopsin,BR)是嗜盐古生菌紫膜上的唯一蛋白质,也是目前嗜盐古生菌研究中的热点蛋白.从Halobacteriumhalobium分离的BR蛋白是由248个氨基酸组成,分子量约为26kD,第216位的赖氨酸通过希夫碱基和生色团视黄醛分子相连,并以7次a螺旋(A～G)跨膜定位于其质膜上.由于BR是一个简单的膜蛋白,以此作为模型,对它的深入研究,有助于阐明细胞膜信号传导收稿日期:基金项目:作者简介:途径中膜蛋白受体的
7、作用机制与传导模型;同时BR又是细胞膜上离子通道的原型蛋白,其跨膜转运质子的机制可以为其他的离子通道蛋白结构功能的研究起到指导性作用;BR的光电响应和光致变色特性使其在太阳能电池,人工视网膜,光信息存储,神经网络,生物芯片等应用领域有着广阔的前景.从新疆北部艾比湖中分离纯化得到耐盐范围在20～25的嗜盐古生菌AB3,扩增了菌株AB3的2003—10—29.浙江大学(工学版)网址:WWW.journ
