福建农林大学生物信息学复习材料

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1、概念生物信息学狭义：分子生物信息学，用信息技术存储、分析基因组、蛋白质组序列。广义：指生物科学与信息科学与计算机科学、物理学、化学交汇融合的交叉学科。信息：指能够消除人们不确定性的东西。信息可以计算Score：衡量匹配结果的质量，是相对的（与选取的计分依据有关），越高越好E值：expectationvalue评估相似性，是绝对的，越低越好P值：P0表示越显著结果越可信，P∞结果随机产生的可能性越大）是指获得至少与两条无关序列间的偶然相似性一样高的分值的概率，低P值表明重要的匹配，这些匹配可能会有生物学意义重

2、复序列：真核生物的基因组中具有多数反复存在的DNA顺序组成（一般不参与编码）用Repeatmasker软件查找重复序列序列谱：由多序列对比结果的全部信息构造的序列特征表,表中列出每一个位点氨基酸残基的替代.插入,缺失等情况双序列比对：通过一定的算法对两个DNA或蛋白质的序列进行比较，找出两者之间最大相似性的方法。工具是用程序来编写完成算法。记分矩阵：为了反映两个序列比对结果而预先设定的分值矩阵。取代矩阵：PAM、BLOSUM稀疏矩阵：只有相同的为1，其余的为0，大多数矩阵单元的值为0。DP(动态规划)：按某

3、种条件舍去那些不可能得到最有结果的局部解。全局比对：对给定序列全长进行比较的方式，在待比较两个序列中引入间隔，使得对序列的全场都得到比较。局部比对：对序列进行比较时，更注重局域的最佳匹配比对工具：Blast、FASTA、Smith-watermanBLAST(BasicLocalAlignmentSearchTool)ORF：一个起始密码子和终止密码子之间的序列称为开放阅读框。1.生物信息学研究内容分为哪三个部分？四个分支①　核酸与基因组信息学：（1）测序与拼接（2）基因识别与注释（3）SNP（单核苷酸多态

4、性）分析（4）非编码区信息分析（5）比较基因组学②　蛋白质组信息学：（1）蛋白质结构模拟（2）蛋白质功能预测（3）基因表达到蛋白质产物信息分析③　代谢调控网络④　生物进化分析数据库、算法、算法工具分析生物学数据2.生物信息学中两种最基本研究方法？主要的不同点①　模式识别（数据）---同原序列、异源序列②　结构模拟预测（计算）----结构：chou.Fasman;；物理化学；算法工具3.计算机里的专业术语5TCP----传输控制协议IP---互联网协议DNS-----域名服务器LAN----局域网WAN---

5、-广域网http---超文本传输协议ftp---文件传输协议Telnet----在UNIX平台上远程连接间的协议51.DNA数据库的类型①　常规数据库：从全基因组单基因序列②　特定数据库：模式生物基因组数据库；另一类则与特殊党的测序技术有关2.最主要三个DNA数据库：EMBL、Genbank、DDBJ3.数据库的搜索方法、各自的特点GenBank----Entrez(集成检索系统)EMBL------SRS（序列检索系统）Entrez特点：①使用简便，把不同类型的DB有机的结合在一起，通过超文本链接，用户可

6、以从一个数据库直接转入另一数据库②数据库和应用程序结合在一起。EBI的SRS系统SRS可以将不同文本格式的数据库真和成为统一的模式。4.Entrez集成了哪些数据库PubMed：生物医学文献核苷酸序列数据库（Genbank）蛋白质序列数据库Structure：三维大分子结构Genome：全基因组PopSet：人口研究的数据集OMIM：在线人类孟德尔遗传UniSTS：标记和映射数据5.GenBankEMBL之间对应关系及一条记录的含义GenBank：locusdefinitionaccessionversio

7、ntitleEMBL：IDDEACSVRT序列名称序列简单说明序列编号序列版本号题目GenBank：keywordssourceorganismreferenceauthorsEMBL：KWOSOCRNRA关键词序列来源物种名称种属相关文献编号著者5PubMed：生物医学文献（PubMed）核苷酸序列数据库（Genbank）蛋白质序列数据库Structure：三维大分子结构Genome：全基因组PopSet：人口研究的数据集OMIM：在线人类孟德尔遗传UniSTS：标记和映射数据SNP：单核苷酸多态性CDD

8、：保守结构域5第三章1.蛋白质序列数据库类型①　序列数据库：PIR（最早提出的蛋白质数据库），SWISS-PROT（更好用），NCBI②　模式和结构域数据库：PROSITE（二级），PFAM③　结构数据库：PDB（三级）④　结构分类数据库：SCOP，CATH，FSSP（四级）2.序列数据库记录的特点①　Pir蛋白质信息资源（蛋白质序列）②　SWISS-PROT有注解的蛋白质序列数据库3.SWISS-PORT记录的