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1、实习4：BLAST相似序列的数据库搜索学号20090****姓名******专业年级生命生技****实验时间2012.6.19提交报告时间2012.6.20实验目的：学习使用BLAST在数据库中搜索相似序列实验内容：使用NCBI上面的BLAST程序进行相似性序列搜索：1.把核酸序列利用BLASTN搜索相似核酸序列；2.把蛋白质序列对应的蛋白质利用BLASTP搜索相似蛋白质序列；3.把核酸序列利用BLAST搜索相似蛋白质序列并与BLASTP比较，体会差异：4.把蛋白质序列利用TBLASTN搜索相似核酸序列并与BLASTN比较，体会差异：5.
2、把核酸序列利用TBLASTX搜索相似核酸序列并与BLASTN比较，体会差异。作业：1.找一条你感兴趣的核酸序列（可以是前面搜索到的同源核酸序列中任意一条），通过BLASTN搜索NR数据库，说明你的参数如何设置，分析搜索结果包含哪些信息。答：使用的序列为：智人胰岛素（INS）>gi
3、297374822
4、ref
5、NM_001185098.1
6、Homosapiensinsulin(INS),transcriptvariant3,mRNA。Algorithmparameters设置如下：参数：EnterQuerySequence——NM_0011
7、85098ChooseSearchSet——Database:Nucleoctidecollection(nr);Exclude:√Models(XM/XP),√Uncultured/environmentalamplesequencesProgramSelection——Optimizefot:Highlysimilarsequences展开“Algorithmparameters”，依次设置：GeneralParameters——Maxtargetsequence：100;Shortqueries：√;Expectthreshold：
8、10;Wordsize：28;Maxmatchesinaqueryrange:0ScoringParameters——Matrix/MismatchScores:1,-2;GapCosts:LinearFiltersandMasking——Filter:√Lowcomplexityregions;√Mask:maskforlookuptableonly搜索结果分析：使用智人胰岛素（INS）>gi
9、297374822
10、ref
11、NM_001185098.1
12、Homosapiensinsulin(INS),transcriptvariant3,
13、mRNA搜索NR数据库，搜索出100条符合条件的序列，序列来自的物种包括了Homosapiens，Pantroglodytes，Gorillagorilla，Pongoabelii，Pongopygmaeus，Musmusculus等，其中根据得分高低排列，前7条序列如下所示：NM_001185098.1Homosapiensinsulin(INS),transcriptvariant3,mRNANM_001185097.1Homosapiensinsulin(INS),transcriptvariant2,mRNANM_000207.2
14、Homosapiensinsulin(INS),transcriptvariant1,mRNANG_007114.1Homosapiensinsulin(INS),RefSeqGeneonchromosomeAC132217.15Homosapienschromosome11,cloneRP11-889I17,completesequenceBC005255.1Homosapiensinsulin,mRNAJ00265.1Humaninsulingene,completecds上述序列的“Maxident”均为100%或99%，且E-Va
15、lue值很低，可见搜索出来的序列与QUERY序列匹配的相似度很高。2.将上题中核酸序列对应的蛋白质序列，分别进行BLASTP和PSI-BLAST搜索，说明你的参数设置，简明操作步骤，分析搜索结果，体会PSI－BLAST的优势。答：对应的蛋白质序列为：>gi
16、297374823
17、ref
18、NP_001172027.1
19、insulinpreproprotein[Homosapiens]（1）BLASTP搜索简明步骤：在搜索到的NP_001172027.1页面选择“RunBLAST”链接，进入blastp搜索界面，设置合适参数，点击BLAST按钮
20、参数：EnterQuerySequence——NP_001172027.1ChooseSearchSet——Database:Non-redundantproteinsequences(nr)
