图解blast验证引物教程2

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1、图中①代表这些序列与引物匹配的得分值小于40分图中②代表这些序列与引物匹配的得分值位于40～50分图中③代表这些序列与引物匹配的得分值位于80～120分，分值越高，特异性越好。线段代表上或下游引物，其颜色和上面对照后就可得出该条引物的分值。图中两线段间有连线的代表这些序列与上游引物匹配（Strand=Plus/Plus）、并与下游引物互补（Strand=Plus/Minus），理论上可以扩增出基因片断。没有连线的，表示单条引物与该基因一致。点击线段，就能跳转到该基因的结果信息概要。（2）结果信息概要：Accession、数据库系列

2、的身份证：点击之后可以获得该序列的信息Desscription、系列的简单描述Totalscore高的就是有两线段间有连线的，如图划线的。Evalue：代表被比对的两个序列不相关的可能性。【TheEvaluedecreasesexponentiallyastheScore(S)thatisassignedtoamatchbetweentwosequencesincreases】。E值最低的最有意义，也就是说序列的相似性最大。设定的E值是我们限定的上限，E值太高的就不显示了E、最后一栏有的有UEG的字样，其中：U代表：Unigene

3、数据库E代表：GEOprofiles数据库G代表：Gene数据库（3）结果详细信息：划线上代表上游引物与该序列的正链【Plus/Plus】的匹配情况：划线下代表下游引物与该序列的负链【Plus/Minus】的匹配情况：共有20个碱基匹配，得分40.1分【20×2＋0.1＝40.1】，E值为0.077。为什么与上下游引物匹配的ABCG2序列有多种？A、为同一个基因来源的不同的mRNA片段B、为该基因的DNA系列C、为同一个基因来源的不同的cDNA克隆片段。结果判断：①验证文献报道的引物是否正确：如果你可以在所显示的结果中找出你的目的

4、基因，一般说明你的引物正确性没问题。如果你blast后没有发现你的目的基因，或者分值很低，该引物就可能不适合用②检测该对引物是否可与其它序列匹配，引起PCR的非特异性扩增。如果找到了你的目的基因名称，而且找到了一大批同物种的不同基因，（上下游引物分别搜索到相同的基因），而且分数也较高。这时表明你的引物设计的特异性不高，极有可能在你的扩增产物中出现非特异性产物。更多信息请参见1、http://www.dxy.cn/bbs/actions/archive/post/2168427_1.html2、http://wiki.keyin.c

5、n/index.php/BLAST3、http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Education/BLASTinfo/tut1.html4、http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=73&id=288677&sty=3&keywords=blast5、http://www.dxy.cn/bbs/actions/archive/post/6441600_1.html6、http://www.37c.com.cn/topic/004/netguide/blast.htm7、http://w

6、ww.dxy.cn/bbs/actions/archive/post/1402021_1.html