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《规模化蛋白质生物质谱鉴定中肽段氨基端环化修饰现象》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在行业资料-天天文库。
1、第37卷 分析化学(FENXIHUAXUE) 研究报告 第7期2009年7月ChineseJournalofAnalyticalChemistry950～954研究报告规模化蛋白质生物质谱鉴定中肽段氨基端环化修饰现象卢庄1,2 赵丽艳2 张养军2 蔡耘21(北京理工大学生命科学与技术学院,北京100081)2(蛋白质组学国家重点实验室,北京蛋白质组研究中心,北京放射医学研究所,北京102206)_C)残基起始的肽段会发生氨基端的环化修饰,且修饰反应不完全,在同
2、一样本中修饰与非修饰两种状态常同时存在,并且环化修饰后的肽段摘 要 对蛋白质样品制备中引入的氨基酸残基的一种现象初步研究结果显示,很多以谷氨酰胺(Q)或氨乙酰化修饰的半胱氨酸(CAM邓玉林1 张玉奎1 钱小红31,2————蛋白质酶切肽段氨基端的环化修饰现象的的反相色谱保留时间发生延迟。在数据库检索时添加环化修饰,可以提高蛋白质的鉴定成功率。本研究结果为大规模的蛋白质质谱数据解析提供了有价值的参考。关键词 肽段氨基端,环化,规模化,蛋白质鉴定1 引 言细胞或组织内存在的全部蛋白质的定性和定量分析是蛋白质
3、组学研究的主要内容[1]。为了从细胞中鉴定目标蛋白质,候选蛋白质常用串联质谱(MS/MS)法[2,3]结合生物信息学的数据库检索进行分析。样品中的蛋白质通常先被胰蛋白酶消化成较小的肽段,然后经反相色谱分离进入质谱;肽段经离子化、碎裂后,产生用于鉴定的特征的MS/MS数据;通过在理论序列数据库中搜索MS/MS谱图来寻找最佳匹配的肽段,从而鉴定样本蛋白质。然而,在实际的蛋白质鉴定中,通常只有或少于10%的MS/MS谱图能够有效地鉴定出蛋白质,而大量的图谱都不能被解析[4]。MS/MS数据没有得到可靠的鉴定结
4、果,除了谱图质量差,还有一个原因就是匹配不好。很多碎片信息很丰富的MS/MS谱图在检索时的得分也很低,其原因是可能此肽段在数据库中不存在、或某些蛋白质本身存在,但人工处理过程中引入的各种氨基酸残基的多种修饰影响其鉴定。蛋白质修饰的多样性和不均一性造成检索时实验值与理论值不相匹配,进而影响其质谱数据的正确解析。目前,肽段鉴定时常用的添加残基修饰有甲硫氨酸(Met)的氧化和半胱氨酸(Cys)的氨乙酰化,而对其它修饰研究很少。文献报道,以谷氨酰胺(Q)、谷氨酸(E)或氨乙酰化修饰的半胱氨酸(CAM_C)残基起
5、始的肽段,在样品处理[10]或者自发[11]等状况下都会发生氨基端的环化修饰。这些发生了环化修饰的肽段由于质量数的偏移,在数据库检索时经常不能被正确鉴定。为了给蛋白质的鉴定分析提供更准确、完整的信息,得到更可靠的鉴定结果,本实验对蛋白质酶切肽段的端肽环化修饰现象进行了初步研究。2 实验部分2.1 仪器与试剂毛细管高效液相色谱2电喷雾2线性离子阱质谱仪(CapLC2ESI2LTQ2MS,ThermoFinnigan公司);安捷伦1100毛细管色谱系统,包括自动上样器,上样泵(含十通阀)和二元洗脱泵(Agi
6、llent公司);4800Pro2teomicsAnalyzer基质辅助激光解吸电离飞行时间串联质谱仪(MALDI2TOF2TOFMS,美国ABI公司);电热恒温水浴箱(北京医疗设备厂);BP211d分析天平(瑞士Sartorius公司)。 2008208229收稿;2008212218接受本文系国家自然科学基金(Nos.20635010,20505018,20735005)和国家重点基础研究计划(No.2007CB914104)资助项目E2mail:qianxh@nic.bmi.ac.cn.1994-
7、2009ChinaAcademicJournalElectronicPublishingHouse.Allrightsreserved.http://www.cnki.net第7期卢庄等:规模化蛋白质生物质谱鉴定中肽段氨基端环化修饰现象 所有标准蛋白均购自Sigma公司;碘乙酰氨(IAA)和甲酸(FA)购自比利时ACROS公司;乙腈(HPLC级,美国J.T.Baker公司);胰蛋白酶(Trypsin,测序级)和二硫苏糖醇(DTT)购自美国Promega公司;0.45μm滤膜有机相微孔过滤膜(天津津腾公
8、司);超纯水由Millipore2QA10型纯水系统(美国Mil2lipore公司)制备,其它试剂均为国产分析纯。2.2 实验方法2.2.1 蛋白质样品的处理 按照目前蛋白质组研究中经典的蛋白质变性、还原、烷基化的处理步骤处IAA溶液在室温下置于暗处反应1h。然后稀释样品至其中尿素浓度<1mol/L后,按照胰蛋白酶与蛋白质质量比1∶表1 不同比例的10种标准蛋白质混合物的配制名称Proteinname理蛋白质样品[5],操作如下:牛血清白蛋
