使用 ncbi 查找dna引物设计blast序列比对

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1、最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST进行序列比对……，这些问题在NCBI上都可以方便的找到答案。现在我就结合我自己使用NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下BCBI的使用。希望大家都能发表自己的使用心得，让我们共同进步！我分以下几个部分说一下NCBI的使用：Partone如何查找基因序列、mRNA、Promoter Parttwo如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列Partthree运用STS查找已经公布的引物序列Partfour如何运用BLAST进行序列

2、比对、检验引物特异性  特别感谢本版版主，将这个帖子置顶！从发帖到现在，很多战友对该帖给与了积极的关注，在此向给我投票的（以及想给我投票却暂时不能投票的）各位战友表示真诚的感谢，谢谢各位战友！请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。关于NCBI其他方面的使用也请水平较高的战友给予补充 Firstofall，还是让我们从查找基因序列开始。 第一部分利用Mapviewer查找基因序列、mRNA序列、启动子（Promoter） 下面以人的IL6（白细胞介素6）为例讲述一下具体的操作步骤 1．打开Mapviewer页

3、面，网址为：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/index.html在search的下拉菜单里选择物种，for后面填写你的目的基因。操作完毕如图所示： 2．点击“GO”出现如下页面：  3．在步骤二图示的右下角有一个QuickFilter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene前面的小方框里打勾，然后点击Filter.出现下图：  说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说

4、基本相同。尽管你分别点击后，序列代码、序列代码等有所差异，但碱基基本一致，不影响大家研究分析序列。现在普遍采用的是最上面的那个序列，这一条是世界范围的生物科学家用计算机合成的一个序列。我也推荐大家使用这个序列。4．点击上述三条序列第一条序列（即reference）对应的"Genesseq"，出现新的页面，页面下方为：  5．点击上图出现的“Download/ViewSequence/Evidence”，即下载查看序列等功能，结果如图所示： 先对上面这张图做点简要的说明，在SequenceFormat（序列输出

5、格式）后面是一个下拉式选择菜单，默认的为FASTA格式，还有一个是GenBank格式。我推荐大家选择GenBnak格式，因为这个格式提供了很多该基因的信息，而FASTA格式只有基因序列。 6．在SequenceFormat后选择GenBank，然后点击下面的Display，目的基因的相关信息和序列就出现在眼前了。点击后如图所示（网页较大，只抓取一小部分以作示范）：  在上述打开的网页中，你可以看到基因长度，基因序列，以及这个基因是如何被报道出来的等各种信息。你会看到: mRNA join(3598..3678

6、,3841..4031,5090..5203,5911..6057,7803..8394)这代表了从基因的3598位开始就是转录区了，即我们常说的mRNA片断，由于内含子的存在，所以mRNA在DNA序列上分成了几段。CDSjoin(3660..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057,7803..7970)CDS代表编码序列，即蛋白编码区是从3660开始的（ATG），由于剪接作用所以CDS区也是不连续的。 说到这里，可能很多朋友都已经明白了promoter即启动子区域在哪里了

7、。但我还是再唠叨几句：转录起始位点前面是基因的调控区，启动子区没有明显的位置定义，大家也只是猜测它的大体位置，如果你要研究promoter区的话，建议你选择转录起始位点前的2000个碱基进行研究，一般默认的是这样。当然你如果觉得长度太长不好研究的话，也可以只研究-1000到0这一千个碱基，因为一般情况下，启动子区的变异都在这个区域内。 这样大家就可以找到自己的目的基因序列和启动子了，这种方法可能使用的人不是很多，但我个人比较喜欢，因为它最大的优点是可以找到启动子区域和其他调控区域。希望大家可以发帖交流，让我们

8、把NCBI用的更好！  6  第二部分 如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列（依然以人类的IL6为例）1．进入NCBI主页：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/在search后面选择Gene，在for后面填写需要查找的基因的名字。如图所示： 出现了很多基因序列，在每个序列的右边还有“OrdercDNAclone”的链接，这些序列中有些序列是跟你的目的基因同名的，有些是别名（