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《节瓜及近缘葫芦科作物种质资源rDNA-ITS序列分析与系统进化研究.pdf》由会员上传分享,免费在线阅读,更多相关内容在行业资料-天天文库。
1、植物遗传资源学报2014,15(5):1096.1106JournalofP1antGeneticResourcesDOI:10.13430/j.cnki.jpgr.2014.05.026节瓜及近缘葫芦科作物种质资源rDNA.ITS序列分析与系统进化研究赵芹,谢大森,何晓明,陈仁芳,彭庆务,罗少波(广东省农业科学院蔬菜研究所,广州510640;2西南大学生物技术学院/农业部蚕桑学重点开放实验室,重庆400715)摘要:通过PCR扩增获得了56份节瓜种质资源及7份相关瓜类种质资源的rDNA.ITS序列.测序后结合GenB8nk中34份葫芦科作物的ITS序列,利用生物信息学软件分析序
2、列长度、变异位点、G+C含量、遗传分歧、同源性百分比差异、系统进化关系。节瓜种质资源ITS基本序列全长612~617bp,G+C含量59.97%一61.07%,供试材料间共96个变异位点,其中一些变异位点有明显的种性特征,可作为特异DNA指纹鉴别位点。基于ITS序列差异,56份节瓜材料聚为5大类、其中12—2—3材料为单独一个分支,黑毛节瓜H2251为第二分支,H5FA为第三分支,剩余节瓜材料聚为第四、五分支。节瓜材料12—2—3与其他材料遗传分歧最大,农艺性状与抗性也差异较大,可用作节瓜杂交育种的亲本以扩大选择范围。节瓜的系统位置排列在lndomelothriablumei(G
3、U799496)与Dactyliandrawelwitschii(HQ201973)之间,与Indomelothriablumei亲缘关系最近;Mrbayes软件分析表明,葫芦科作物Zehneriathwaitesii(AM981145)、Ctenolepiscerasiformis(AM981142)、Cucu.mismelo(AM36377)、Dactyliandrawelwitschii(HQ201973)、Trochomeriamacrocarpa(AM981141)最原始,系统进化顺序为甜瓜一南瓜、栝楼、苦瓜、丝瓜、西瓜、蒲瓜一冬瓜、节瓜一黄瓜。本研究通过分析节瓜及近缘
4、葫芦科作物种质资源的ITS序列,为其系统进化、DNA指纹鉴男l】、育种亲本选择及比较组学分析等提供了分子生物学依据。关键词:节瓜;葫芦科作物;种质资源;rDNA.ITS;序列分析;系统进化AnalysisontheInternalTranscribedSpacers(ITS)SequencesandPhylogeneticsofChieh—quaanditsAfinisCucurbitaceaeGermplasmResourcesZHAOQin,XIEDa—sen,HEXiao—ming,CHENRen—fang,PENGQing—WU,LUOShao·bo(VegetableR
5、esearchInstitute,GuangdongAcademyofAgriculturalSciences,Guangzhou510640;KeySericulturalLaboratoryofMin~tryofAriculture/CollegeofBiotechnology,SouthwestUniversity,Chongqing400715)Abstract:56chieh—quaand7othercucurbitsgermplasmresourceswerecollectedfromsouthChina,subsequentlyrDNA—ITSamplieation
6、andsequencingwereperformed.CombiningITSsequencesofseveralcucurbita’ceousplantsdownloadedfromGenBank,thelengths,variablesites,G+Ccontent,geneticdivergences,homolo—gies,phylogeneties,andsystempositionwereanalyzedbybioinformaticsoftwares.ITScompletesequencesofchieh.quaanditsaffiniscucurbitaceaeg
7、ermplasmresourceswereobtained.Thefull—lengthofehieh—quaITSwas612—617bp.G+Ccontentwere59.97%一61.07%.Thesequencealignmentresultsshowedthattherewere94variablesites(ITS1:47,ITS2:40,5.8S:7)amongchieh—quagermplasmresources,someofwhichhadsignificant
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