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1、21卷4期生物工程学报Vol.21No.42005年7月ChineseJournalofBiotechnologyJuly2005基因表达谱聚类P分类技术研究及展望ResearchonGeneExpressionDataBasedonClusteringPclassificationTechnology11*11,2*李杰,唐降龙,王亚东,李霞11*1,2*LIJie,TANGXiang-Long,WANGYa-DongandLIXia11哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院,哈尔滨15000121哈尔滨医
2、科大学生物信息学系,哈尔滨15008611SchoolofComputerScienceandTechnology,HarbinInstituteofTechnology,Harbin150001,China21DepartmentofBioinformatics,HarbinMedicalUniversity,Harbin,150086,China摘要随着人类及多种模式生物全基因组测序基本完成,人类基因组计划的研究进入后基因组时代.后基因组时代研究的焦点已经从测序转向功能研究。聚类P分类技术作为分析基因
3、表达谱和识别基因功能的重要工具之一,近年来获得很大的发展。对目前基因表达谱聚类P分类技术及它们的发展,进行了综述性的研究,分析了它们的优缺点,结合我们的研究,提出了解决问题的思路和方法,为基因表达谱的进一步研究提供了新的途径。关键词基因表达谱,分类,聚类,基因调控网络,逆向工程中图分类号Q78文献标识码A文章编号1000-3061(2005)04-0667-07AbstractAstheworkofsequencingthegenomeofthehumanandmanymodelorganismshasb
4、eenpartiallyorfullyfinished,the0postgenomicera0hasbegun.Scientistsareturningtheirfocustowardidentifyinggenefunctionfromsequencing.Clusteringtechnology,asoneoftheimportanttoolsofanalyzinggeneexpressiondataandidentifyinggenefunction,hasbeenusedwidely.Inthis
5、paperwediscussmainclusteringtechnologyaboutgeneexpressiondataatpresent,analyzetheiradvantagesanddisadvantages,presentthemethodstosolvetheproblemsandgivenewapproachestostudygeneexpressiondata.Keywordsgeneexpressiondata,classification,clustering,generegulat
6、orynetwork,reverseengineering最近发展起来的基因表达谱芯片技术是分子生物学在品卫生监督及司法鉴定等,因此基因表达谱的研究具有重要实验领域的一项重大突破,为探索生命的本质提供了极大的的理论价值和应用意义。近年来通过基因表达谱芯片实验便利,成为探索生命奥秘的重要工具之一。通过基因表达谱产生了大量的表达谱数据,这类数据的特点是样本数目少、芯片实验可以同时观察成千上万个基因在不同个体、不同组维度高、冗余基因和噪音多。如何对这类/新型0数据进行有织、不同发育阶段的表达状况,研究它们的功能
7、和相互关系,效地分析成为研究人员面临的一个全新领域。随着这些海加深对生命本质的认识。另外也可以根据基因在不同条件量数据的不断积累,新的数据分析方法、理论和技术也不断下表达的差异性来进行复杂疾病诊断、药物筛选、个性化治涌现。当前主要的分析技术是表达谱的聚类和分类。本文疗、基因功能发现、农作物优育和优选、环境检测和防治、食从信息技术的角度对表达谱聚类和分类技术进行研究综述Received:March21,2005;Accepted:April28,2005.Thisworkwassupportedbytheg
8、rantsfromtheNationalNaturalSciencesFoundationofChina(No.30170515and30370798),theNationalHigh-TechDevelopmentProjectofChina(863Program)(No.2003AA2Z2051)and2002AA2Z2052)andthe211Project.*Correspondingauthor.E-mail:lix
